Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAATGGTGAAATTACACTTTGGGAGCTTGGGTTGCGAGACAGGTTGGTCTCAAAGCCATTCAAGATATGGGATATCTCAGCATGCTCATTACCATTTCAGgtttttaatttcattttcaacaagtttatatactgtacaatattttcttttctataatacccttatttatgctaaccagacaataagtgtgttactatggtggtcattggtgattaagaattcaaaacctttggaattttatagttggtaattttcacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41840.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G41840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g15020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
TAATGGTGAAATTACACTTTGGGAGCTTGGGTTGCGAGACAGGTTGGTCTCAAAGCCATTCAAGATATGGGATATCTCAGCATGCTCATTACCATTTCAGgt-ttttaatttcattttcaacaagtttatatactgtacaatattttcttttcta---taatacccttatttatgctaac-cagacaataagtgtgttactatggtggtcattggtgattaagaattcaaaacctttggaattttatagttggtaattttcacag
 |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| || ||  || | |||||||| ||||| || ||||| ||   ||| || |||  || ||||||||| ||||  | |   |||  | | ||| ||  | |  | || || |    ||||    | |||  | | |||||  || | |     | |||                                                                         
CAATGGTGAAATTACACTTTGGGAGGTTGGTATGCGTGAGAGACTGTTTTCAAAGCCCTTCAAAATTTGGGACATTCAAGCTTGTTCACCACAATTTCAGgtatttttttattgctttttata-gttgatccagtaca-aacatctatagttctgatcttatatgcctctttattttacctcccgtgaaaag-------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA19G41840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv14s0060g01680.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
TAATGGTGAAATTACACTTTGGGAGCTTGGGTTGCGAGACAGGTTGGTCTCAAAGCCATTCAAGATATGGGATATCTCAGCATGCTCATTACCATTTCAGgttttta-atttcattttc--aacaagtttatatactgtacaatattttcttttctataatacccttatttatgctaaccagacaataagtgtgttactatggtggtcattggtgattaagaattcaaaacctttggaattttatagttggtaattttcacag
||||||||| ||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||||  |||| | |||||||||||||||  |  |||| || ||||||||| |||||||| | | ||   |||||   | ||  ||||||| |        |||| |||||   ||| |   ||   | |     |    |  ||  ||||||| |||     | |                                                      
TAATGGTGATATTACACTTTGGGAAGTTGCATTGCGAGAGAGGTTGGTTACAAAACAATTCAAGATATGGGACGTGACAGCTTGTTCATTACCAGTTCAGgttctcacatcatatttttctagcagttttatattcc-------atttgctttttagtaaaattattgggtttatcttctctgcttta--tgtgttattatatacttta------------------------------------------------------