Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTCGGTCTTGGTGTTTCCAATGTTCTTGGTTCATTTTTTTCAGCATACCCCACAACAGGtaagtattcaattggactctgaaaaataaggagtcattatttgtagttggttacttaggttttggttccaaagcctcaattaatttcaagattatgattttacttgaatttttttttatattaatagatatttcttttgaatgtatgcagg

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G52270.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G52270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv13s0019g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
-TGTTCGGTCTTGGTGTTTCCAATGTTCTTGGTTCATTTTTTTCAGCATACCCCACAACAGGtaagtattcaattggactctgaaaaataaggagtcattatttgtagttggttacttaggttttggttc---caaagcctcaattaa---tttcaagattatgattttacttgaattttttttta-----------tattaatagata-tttcttttgaatgtatgcagg----------
 |||| |||||||||||| ||||| |   ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||| | |||   | ||   |      | |     ||  |   |  |  ||   ||   | ||    |||||| | |||| |    |||| |||   |  |||  | ||| ||||| | |           | || | || ||  |||||||   | | |               
TTGTTTGGTCTTGGTGTTGCCAATATCTGTGGTTCATTCTTTTCAGCATACCCCACGACAGgtgag-atttatttgaggtttgctgagctgcaaattgaggttcatcagtcatacctgtagtggagattaacacaaagcattaatttaatccttcaggatctagtgtttcatggaaatttttataaccaagatatgcttttgaaaggtagcttcttttatttatttttgaatattatgcag