Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacattatgcatttaatttgttgatacaaatggggaaaatttctgttgccaatatcatgtgtctattactactcctattcaagctaataacttgat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacattatgcatttaatttgttgatacaaatggggaaaatttctgttgccaatatcatgtgtctattactactcctattcaagctaataacttgat
 ||||||  | || ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||   ||| ||||||| ||||  | ||  ||   |    ||||| |    |     ||  |||   |    || ||      ||  ||| | | |  |  || |    |         
-GGGAGATATGCATCCAGCTCTATGGGGTTCTAAGGTAGGAAATAGCTGGAGAACTACTAATGACATTGCAGATACATGGGACAGgtagaaatcttgtgctc---ttgttaagtttatatatgattattgaaggcaacagtagagctggttcatttcaattgtttctctaatgcag--------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51335838|gb|CO979704.1|CO979704
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|192330118|gb|FK019773.1|FK019773
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAAT-ATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|192312271|gb|FK005275.1|FK005275
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGG-CAGATATGAATGAAGTTTAT
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTAT
EST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|207792174|gb|GD765508.1|GD765508
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|13312579|gb|BG406230.1|BG406230
EST:     TGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: TGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|208124534|gb|GD921516.1|GD921516
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|24206259|gb|BU965512.1|BU965512
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|208233662|gb|GE030913.1|GE030913
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|9564293|gb|BE473802.1|BE473802
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGATAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
EST: gi|193388645|gb|FK357534.1|FK357534
EST:     AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA                         GCATGGTTTCAAGGGCAGAGATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC
genomic: AGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacatt ... atctttggcaGCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAggtgaacattatgcatttaatttgttgatacaaatggggaaaatttctgttgccaatatcatgtgtctattactactcctattcaagctaataacttgat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA