1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
GTGGATCCATCAGGTTCATATTTTTCTTGGAAAGCTTCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagcttttcatcaatagcagttctgcaagcaaaatgtgtggagtgcatcaattttttttgtgtttgtgtccattatgtgctgtggctggtaccccttg...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G41330.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGACEST: gi|21600907|gb|BQ611238.1|BQ611238
genomic: CTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGACEST: gi|209699717|gb|BW652089.1|BW652089
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGACEST: gi|193456857|gb|FK422679.1|FK422679
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: AAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACGCAGCAATGTTGACEST: gi|10254076|gb|BE821842.1|BE821842
genomic: AAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGACEST: gi|151401084|gb|EV270898.1|EV270898
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACGCAGCAATGTTGACEST: gi|193730275|gb|FK667447.1|FK667447
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGACEST: gi|192305316|gb|FG994012.1|FG994012
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGGCEST: gi|193414860|gb|FK378756.1|FK378756
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: CAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGACEST: gi|23725769|gb|BU760849.1|BU760849
genomic: CAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGGATCCATCAGGTTCATATTTTTCTTGGAAAGCTTCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagcttttcatcaatagcagttctgcaagcaaaatgtgtggagtgcatcaattttttttgtgtttgtgtccattatgtgctgtggctggtaccccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG