Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGTAGGAACTGATCATTGTGCCTTTAATTCCACCCAGAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacatgatggatggccctagatatttccagcctaaatgcattctagttgattttgaaatatctccttcctaatgtgctttgcaacctgatatatgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G06100.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G06100.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g59340.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
CTGGTAGGAACTGATCATTGTGCCTTTAATTCCACCCAGAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcac-atgatggatggccctagatatttccagcctaaatgcattctag-----ttgattttg-aaatatctccttcctaatgtgctttg--caacctgatatatgtag---------------------
|| |||||||||||||||||  |||| || ||||| ||||||||| | ||   |||||| ||| | || |||||||||||||| ||||||||||    ||     ||    |  |  ||  ||   ||| |  ||   ||     ||||||||  ||  |  || |   |  | ||  |    | | || |   || |                       
CTTGTAGGAACTGATCATTGCACCTTCAACTCCACACAGAAAGCTTTCGGCTCTGATGATTTCAGAAAGATTCCTAATGGTGTTAATGgtaatccttgtgggttgtgaatttcaacgttgacaaa-taagtatataaaagaacttttgattttataaggaattcgtgtttggtttgaataaacccagctaaggcatctctctcttaaacgcttgaccccag

upper sequence: GLYMA15G06100.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: AT5G12200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
CTGGTAGGAACTGATCATTGTGCCTTTAATTCCACCCAGAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacatgatggatggccctagatatttccagcctaaatgcattctagttgattttgaaatatctc----cttcctaatgtgctttgcaacctgatatatgtag
|| |||||||||||||| ||  | || ||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||  |    | ||  |   |     ||||    || | |||   |  | | |  |  |||||  |     |||    || || || |                 
CTTGTAGGAACTGATCACTGCACTTTCAATTCTACACAAAAAGCTCTAGGACTTGATGATTTCCGCAGAATACCTAATGGTGTTAATGgtaatagctgacttgactggtttcttgctttctctgctcactgc--ccctgctaacctgtaaatacttttgaacttgtccatatgtttag-----------------

upper sequence: GLYMA15G06100.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv06s0009g02790.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
CTGGTAGGAACTGATCATTGTGCCTTTAATTCCACCCAGAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacatgatgg-atggccctagatatttcc-agcctaaatgcattctagttgattttgaaatatctccttcctaatgtgctttgcaacctgatatatgtag-------------------
|| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |   ||  ||   |||||||   |    || |    | |   |  || | || | |   ||   |  |  | | |  |  || |||| ||| |                   
CTTGTAGGGACTGATCATTGTGCCTTCAATTCCACACAGAAAGCTTTTGGAATTGATGATTTCCGAAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaat-acaagttatcatcaccactgatatttgggaagtcaattattatttccctagttatcaagt-tggtctcatttttccgttcta-attcttatatttgttgcaatcctgggaacaattag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58016987|gb|CX703729.1|CX703729
EST:     GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCNTAATGGTGTCAATG                         GTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
genomic: GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacat ... atatatgtagGTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
EST: gi|11274766|gb|BF325101.1|BF325101
EST:     GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATG                         GTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
genomic: GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacat ... atatatgtagGTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
EST: gi|37995958|gb|CF807547.1|CF807547
EST:     GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATG                         GTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
genomic: GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacat ... atatatgtagGTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
EST: gi|27445929|gb|CA953052.1|CA953052
EST:     GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATG                         GTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
genomic: GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacat ... atatatgtagGTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
EST: gi|298175277|gb|HO018158.1|HO018158
EST:     GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATG                         GTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
genomic: GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacat ... atatatgtagGTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
EST: gi|14991023|gb|BI316696.1|BI316696
EST:     GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATG                         GTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG
genomic: GAAAGCTCTTGGAATTGATGACTTCCGGAAAATTCCTAATGGTGTCAATGgtaatcacat ... atatatgtagGTATTGAAGAAAGGATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG