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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGTTGGGGAATCTGGTCTCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattgacaatttcatttctactctaagtaaacacctgggaaatggtaattaaaatactcaatttcttcctaatcctaacagcagctccaatgaca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G05810.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207799139|gb|GD768180.1|GD768180
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|193417746|gb|FK384250.1|FK384250
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|193531115|gb|FK484122.1|FK484122
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|31309484|gb|CD394687.1|CD394687
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACCAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|208242177|gb|GE043261.1|GE043261
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAATCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|193362895|gb|FK327469.1|FK327469
EST:     CTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAAT
genomic: CTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTT-AAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAAT
EST: gi|208302510|gb|GE097069.1|GE097069
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|31312366|gb|CD397569.1|CD397569
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|207770691|gb|GD745189.1|GD745189
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTATAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
EST: gi|120496969|gb|EH225136.1|EH225136
EST:     TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCT                         ATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC
genomic: TCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattg ... ttttttgtagATATTGGTTGGAGAGTCTATTGTAAAACAAAGTGATCCTGGAAAGGGAATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ATGGTTGGGGAATCTGGTCTCTTTACCCCGGACGATATTGCCTATGTTCAGGAAGCTGGTGTTAAAGCTgtaagtattgacaatttcatttctactctaagtaaacacctgggaaatggtaattaaaatactcaatttcttcctaatcctaacagcagctccaatgaca

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