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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagtagcccttttgttggaggtagggatagtaaatagtatatgaatgcaatcaatgcacagtttttgtgttgagattctcttagaaattaatta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29410.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192298535|gb|FG988506.1|FG988506
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|254330688|gb|GR841953.1|GR841953
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|58014729|gb|CX701471.1|CX701471
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|4437020|gb|AI522885.1|AI522885
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|209729808|gb|BW658613.1|BW658613
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGG--AT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|254346600|gb|GR856322.1|GR856322
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|209698391|gb|BW667186.1|BW667186
EST:     TTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|15815903|gb|BI788178.1|BI788178
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|58018378|gb|CX705120.1|CX705120
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|254335575|gb|GR847103.1|GR847103
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|254345540|gb|GR851702.1|GR851702
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|254333982|gb|GR848900.1|GR848900
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|213597480|gb|DB981648.1|DB981648
EST:     TGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTT-AAAA-TATGGCAAAATCAG                         TTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCCTCGATA
genomic: TGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTAT--CAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATA
EST: gi|208324602|gb|GE122739.1|GE122739
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|298170634|gb|HO019258.1|HO019258
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|192301793|gb|FG994445.1|FG994445
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|7591183|gb|AW706921.1|AW706921
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|58023902|gb|CX710643.1|CX710643
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|18735429|gb|BM528760.1|BM528760
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|254346462|gb|GR856184.1|GR856184
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|209722222|gb|BW662394.1|BW662394
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|10254054|gb|BE821820.1|BE821820
EST:     TTTGCNNGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|5127019|gb|AI748755.1|AI748755
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|208203372|gb|GD998812.1|GD998812
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|58014732|gb|CX701474.1|CX701474
EST:     TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT
EST: gi|298186489|gb|HO037122.1|HO037122
EST:     CTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAGAAATTATCAAAATCAG                         GTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATCAATTGAGCATGGATAT
genomic: TTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagt ... catcctgcagGTGGTTGCTAACTGTAGAGCTCTTGCTAAGCGATTAATTGAGCATGGATAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAGgtattctagtagcccttttgttggaggtagggatagtaaatagtatatgaatgcaatcaatgcacagtttttgtgttgagattctcttagaaattaatta

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