Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTATGAGTATGGTGCGGAATTCATTTAGTGACAGGCGTGAAGGATATACAGATAAAGCAGTTGTAATAAGgtttgtgttatctgcagttagtgctactttaaatgattaaattatctcttggatgtttgcatctataaggcttatttagattccatgaacaaatgattag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26190.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G26190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv13s0084g00600.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
CCTATGAGTATGGTGCGGAATTCATTTAGTGACAGGCGTGAAGGATATACAGATAAAGCAGTTGTAATAAGgt----ttgtgttatctgcagttagtgctactttaaatgattaaattatctcttggatg---tttgcatctataaggcttatttagattccatgaacaaatgattag
|| ||||| |||||||||||||||||| ||||  | || || |||||||| |||||||||||||| |||||||    || |      |   | |  |  | ||||   | ||||  ||||    | | ||    ||  ||  ||||    | || ||||    |  | | |       
CCAATGAGCATGGTGCGGAATTCATTTCGTGATCGCCGAGAGGGATATACTGATAAAGCAGTTGTCATAAGgtgattttctacatattatgggtctttttccttttggttattatcttattgtatagttggctcttttattcataattgatgttaagatcttttttaaaca-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208136671|gb|GD939659.1|GD939659
EST:     TCATTTAGCGACAGGCGTGAAGGATATACAGATAGAGCAGTTGTAATAAG                         GTGTGTAAGAGCTGATCAGTCCTCATTATCAGTAAGATTGTATTACC-T-G
genomic: TCATTTAGTGACAGGCGTGAAGGATATACAGATAAAGCAGTTGTAATAAGgtttgtgtta ... taatgtttagGTGTGTAAGAGCTGATCAGTCCTCATTATCAGTAAGATTGTATTACCTTCG