Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatttttttttctttttataccaatggatattaaatacaatttccttgtatcaaatgttgtgccttggatgttgtattacatttctgaaaagaggttatgcatgtatgaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G37130.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G37130.2 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv18s0001g06830.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatttttttttctttttataccaatggatattaaa---tacaatttccttgtatcaaatgttgtgccttggatgt-tgtattacatttctgaaaagaggttatgcatgtatgaacag-----------------------------------------------------------
|||| || || ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||   || |  | ||||||||  | ||||| | | |||||| |    |   | |||||   ||   ||   || | | |  | ||  || |   |||  ||  | |   || || | | |  || ||| |   |    ||                                                           
CTCTTGACCTAATAGAACATCTGCGTTCAATGGGTGAAACTAATGCTCTTCTACAGAAAAGCAATgtaagatttttttctctttttttaaaattgttatttttaaaatttaggtttaattttttttacttttttcgcatataatgaatgcttcattcttttggatatatattctgctttcttactgagagtcagcttggttctacttatatcattggcaattttgatttgtgtctcaatgaaatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213593987|gb|DB981371.1|DB981371
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|6846254|gb|AW348544.1|AW348544
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|254345258|gb|GR855808.1|GR855808
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|192297062|gb|FG990333.1|FG990333
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|26057334|gb|CA800248.1|CA800248
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|15200173|gb|BI424211.1|BI424211
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|6071750|gb|AW101137.1|AW101137
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|15285724|gb|BI469615.1|BI469615
EST:     GGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: GGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|208246428|gb|GE050242.1|GE050242
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|51335049|gb|CO978915.1|CO978915
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: gi|192299412|gb|FG992530.1|FG992530
EST:     AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT                         ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG