1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TTCAAATATGAGAAATGCTTCTCAGTCAAACTTCCCTTCCTCAAGTGCCAATCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAGgtatgtttgtatttcttgttaaggagataaaatgatctctagctttcttccacatacctggctggaataaatgcaatcaacttgccccttttacttgtca...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G10270.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAG ATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATGEST: gi|24206258|gb|BU965511.1|BU965511
genomic: TCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAGgtatgtttgt ... gttttggcagATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATG
EST: ATCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAG ATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATGEST: gi|23725902|gb|BU760924.1|BU760924
genomic: ATCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAGgtatgtttgt ... gttttggcagATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATG
EST: ATCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAG ATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATGEST: gi|120531623|gb|EH259756.1|EH259756
genomic: ATCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAGgtatgtttgt ... gttttggcagATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATG
EST: AAAGATCCAGCTATGCGGAAG ATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATG
genomic: AAAGATCCAGCTATGCGGAAGgtatgtttgt ... gttttggcagATGTTCACATCCATGGTTAAAAATATGAGCCCGGAAATGATGGCTAACATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCAAATATGAGAAATGCTTCTCAGTCAAACTTCCCTTCCTCAAGTGCCAATCTCCAAGAACAGATGAGAAACCAGATGAAAGATCCAGCTATGCGGAAGgtatgtttgtatttcttgttaaggagataaaatgatctctagctttcttccacatacctggctggaataaatgcaatcaacttgccccttttacttgtca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccccttt