Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAATGGCAATTGGAACACTTGCATTATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaaatattttgatactaatttccttgtgatttgattttgaggcatactaaacataaagtcaaacttggtatatgtcagggaatgtgtctttga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G11960.3
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G11960.3 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv03s0038g00450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
ATAATGGCAATTGGAACACTTGCATTATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaaga-gcaaatattttgatactaatttccttgtgatttgattttgaggcatactaaacataaagtcaaacttggtatatgtcagggaatgtgtctttga-
|| |||||||| || ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  || ||| | | |||| |  |||||||     | || | | |  |||   | | | ||| |  | |||  | |||   |  |  | | |  ||   
ATCATGGCAATCGGGACACTAGCTTTATGCTACAACAATATTGAGGTCTTCAGAGGAGTAGTAAAAATGAGGCGTGgtaagttgctaat-tatggatattgctttccttacttctggactgttaaacatgtaacagagaaacttta-cttaatttattctattggttttcttgttatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209726038|gb|BW672761.1|BW672761
EST:     TAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: TAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|22930235|gb|BU547374.1|BU547374
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|7478069|gb|AW666124.1|AW666124
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGGTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|9899890|gb|BE608858.1|BE608858
EST:     ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|58014892|gb|CX701634.1|CX701634
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|208337947|gb|GE133887.1|GE133887
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|120491021|gb|EH219188.1|EH219188
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|9899883|gb|BE608851.1|BE608851
EST:     ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|17153400|gb|BM143333.1|BM143333
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|209714967|gb|BW650813.1|BW650813
EST:     TCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: TCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|208340738|gb|GE133674.1|GE133674
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG