Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTGTAATTTCATTTAACATCAGCTACATGGATATAAAGCCTTACATCACAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAGgttagaaaacggtcactgaagtgcagaaaatctgtttgcatacttgcatctttaattataatcaataattttgatgcaatataagggtttaattaacaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G05490.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18734657|gb|BM528311.1|BM528311
EST:     CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAG                         GTTCACTTAATGAATTTTTCTTCTCTTGGAAATGGTTCTCTCTCTAGATGG
genomic: CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAGgttagaaaac ... atgctcacagGTTCACTTAATGAATTTTTCTTCTCTTGGAAATGGTTCTCTCTCTAGATGG
EST: gi|6719923|gb|AW307570.1|AW307570
EST:     CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAG                         GTTCACTTAATGAATTTTTCTTCTCTTGGAA-TGGTTCTCTCTCTAGATGG
genomic: CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAGgttagaaaac ... atgctcacagGTTCACTTAATGAATTTTTCTTCTCTTGGAAATGGTTCTCTCTCTAGATGG
EST: gi|57575769|gb|CX548744.1|CX548744
EST:     CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAG                         GTTCACTTAATGAATTTTTCTTCTCTTGGAAATGGTTCTCTCTCTAGATGG
genomic: CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAGgttagaaaac ... atgctcacagGTTCACTTAATGAATTTTTCTTCTCTTGGAAATGGTTCTCTCTCTAGATGG
EST: gi|7232428|gb|AW567784.1|AW567784
EST:     CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTATATGTTAATACTTCACAG                         GTTCACTTAATGAAT
genomic: CAGAATTGACTGGACTCATTGCTCATGAATTAGATGTTAATACTTCACAGgttagaaaac ... atgctcacagGTTCACTTAATGAAT