Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGTGAGAGGTAATAATTTGACTGGTACTATACCTGACAACATTGGGAACTGTACAAGTTTTGAAATCTTgtatgttatgtattttatttgatattcatgtgttatgttcaatatttgatttccaataattttgtcctcattgtcactttattgtttcattgaatttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38730.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G38730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv16s0022g02030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TGATGTGAGAGGTAATAATTTGACTGGTACTATACCTGACAACATTGGGAACTGTACAAGTTTTGAAATCTTgtatgttatgtattttatttgatattcatgtgttatgttcaatatttgatttccaataattttgtcctcattgtcactttattgtttcattgaatttcag
|||||| ||||| |||||| ||||||| || || ||||| | ||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||      |   || |||     | ||   | || |   ||  || || | |||  ||    | |||     ||||||| ||    |||||||||
TGATGTAAGAGGCAATAATCTGACTGGAACAATCCCTGATAGCATCGGTAACTGTACAAGCTTTGAAATCCTgtatgtt------tcctttggatgactctttga-gtatttatatttctatatctagtaaactt---ttgattaaatgtttattgattgg--gaatttcag

upper sequence: GLYMA10G38730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: EFJ23934 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 8
TGATGTGAGAGGTAATAATTTGACTGGTACTATACCTGACAACATTGGGAACTGTACAAGTTTTGAAATCTTgtatgttatgtattttatttgatattcatgtgttatgttcaatatttgatttccaataattttgtcctcattgtcactttattgtttcattgaatttcag
||||||| |  | || ||| |  |||| | ||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    ||   | ||| | ||||||  | | |  ||   |||    |  ||    |||||                                    
TGATGTGCGCAGCAACAATATCTCTGGGATTATTCCTGATAACATAGGCAACTGCACAAGTTTTGAAATCTTgtatgtggattacaatcttt-acattcattcggtgttctc---attcacgtgacatgggttttggtgcag------------------------------