Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGACTATAGAAAAGGTTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgccactctaaatttggtgattgttgttgtattcggcgaatgacaaacacaaatcagagagttacttctcttagtgggttaatgctgaatttgatttgcattccagcaattgttattaatcatgctgttagccattctagaaatatgttggcttttctacatttcttcttctcattatgttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G41070.3
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20812568|gb|BQ297046.1|BQ297046
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|6724792|gb|AW309191.1|AW309191
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|208177331|gb|GD973924.1|GD973924
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|51341493|gb|CO982810.1|CO982810
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|254344698|gb|GR851288.1|GR851288
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|16347036|gb|BI972631.1|BI972631
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|254344697|gb|GR851287.1|GR851287
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|10255066|gb|BE822832.1|BE822832
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|151407222|gb|EV277037.1|EV277037
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGACTATAGAAAAGGTTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgccactctaaatttggtgattgttgttgtattcggcgaatgacaaacacaaatcagagagttacttctcttagtgggttaatgctgaatttgatttgcattccagcaattgttattaatcatgctgttagccattctagaaatatgttggcttttctacatttcttcttctcattatgttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA