Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATTGCCTTCTACAAGgtttgaattctataccttttcatgtctgaggtcttttgttgctactacatttaaattcccatgtgcatagtttgtgatgtgatataagggcttccttaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G42230.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G42230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv12s0142g00100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
AATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATTGCCTTCTACAAGgtttgaatt-ctataccttttcatg---tctgaggtcttttgttgctacta---catttaaattcccatgtgcatagtttgtgatgtgatataagggcttccttaat
||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||| ||  |||||  | || || | || | | |||   ||| |    |     | |||  |   | ||  | || |  |   |||  |   |    | |  || |  |||       
AATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCACATTATCCCCTTTTATGAGgttctattttctttcccctgttatgaagtctcattagtcaaactactatcaattcgttggattttcttttcacatcatcaatatgctaaagtatgaactt-------