Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttagataatcaaataaggcattttctttttcctttgttgttattatcctgttcctattgcaggcaagatttaataaagtgaaatcaatttaacaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G18750.3
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120491870|gb|EH220037.1|EH220037
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120529174|gb|EH257308.1|EH257308
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120533762|gb|EH261895.1|EH261895
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAA-CAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|19453492|gb|BM954902.1|BM954902
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|20814941|gb|BQ299419.1|BQ299419
EST:     CTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: CTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|9204532|gb|BE330756.1|BE330756
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120534301|gb|EH262434.1|EH262434
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120494498|gb|EH222665.1|EH222665
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACGATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|11689163|gb|BF596839.1|BF596839
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|13481886|gb|BG511229.1|BG511229
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|5606564|gb|AI900662.1|AI900662
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120533257|gb|EH261390.1|EH261390
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|10232145|gb|BE801033.1|BE801033
EST:     CTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: CTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|17153752|gb|BM143685.1|BM143685
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|192311433|gb|FK005164.1|FK005164
EST:     CGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCGCCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: CGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|209719072|gb|BW659375.1|BW659375
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120534568|gb|EH262701.1|EH262701
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|15284817|gb|BI468708.1|BI468708
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120534652|gb|EH262785.1|EH262785
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAA-CAATCACCAAACTGCCAAATCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|9204621|gb|BE330845.1|BE330845
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTGAGCTCGAAC                         GATGTGAAGTGGCT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCT
EST: gi|20449450|gb|BQ253574.1|BQ253574
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|23063750|gb|BU578617.1|BU578617
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120494885|gb|EH223052.1|EH223052
EST:     GACTTGCTTCATAGGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|10236189|gb|BE805077.1|BE805077
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|209728198|gb|BW651633.1|BW651633
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|7283676|gb|AW596280.1|AW596280
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|9440450|gb|BE440955.1|BE440955
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|120529512|gb|EH257646.1|EH257646
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|31466947|gb|CD408975.1|CD408975
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACCATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|27426248|gb|CA937768.1|CA937768
EST:     CTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: CTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
EST: gi|209725760|gb|BW659891.1|BW659891
EST:     GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG                         GATGTGAAGTGGCTTCAAACA-TCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT
genomic: GACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttaga ... aattttgtagGATGTGAAGTGGCTTCAAACAATCACCAAACTGCCAATTCTGGTGAAGGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAGgtatgttagataatcaaataaggcattttctttttcctttgttgttattatcctgttcctattgcaggcaagatttaataaagtgaaatcaatttaacaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG