Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTGAGACACCAATTAAAGCATTGGCTGAGGATATAGATGGCTATTCAATATATGTAGGGAATGGGTCAGGTGACATGGCTTCTGTTGATATACGCACAGgtatcccaaagtcatgggaacattgtcataaatttaagaacagtgattatggactatatcattgtttaacttgttcccatattatacactgacctatttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G07430.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G07430.2 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv02s0012g01780.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
CGTGAGACACCAATTAAAGCATTGGCTGAGGATATAGATGGCTATTCAATATATGTAGGGAATGGGTCAGGTGACATGGCTTCTGTTGATATACGCACAGgtatcccaaagtcatgggaa----cattgtcataaatttaagaacagtgattatggactatatcattgtttaacttgttcccatattatacactgacctatttt--
|| ||||| || ||||||||| | ||||| |||  |||||||||| | || ||  |||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||    | ||||||  ||    || ||  ||  |||| |       | ||| | |    || ||| || || |     |    |   ||  |  |||| |    
CGGGAGACCCCTATTAAAGCAGTTGCTGAAGATCAAGATGGCTATACCATCTACATAGGAAATGGATCAGGCGACCTTGCTTCTGTTGACATGCGCACAGgtatgt-gatgtcatgcaaatgcacagtggtatggattttatgttctggtttaggaatatgattattattgaaat-----ctgcttaggaccttagcctactgcta