1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatttaccttgttttaactttctaccattatcatattatcaattgattgaacttgaacataaccgagtgtatcttttaccctgctcatgtag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G18530.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGA CCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGGEST: gi|31464003|gb|CD406031.1|CD406031
genomic: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatt ... gctcatgtagCCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGG
EST: GGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGA CCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGGEST: gi|208025821|gb|GD826655.1|GD826655
genomic: GGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatt ... gctcatgtagCCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGG
EST: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGA CCGACATGCAGEST: gi|7925599|gb|AW831625.1|AW831625
genomic: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatt ... gctcatgtagCCGACATGCAG
EST: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATTCCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGA CCGACATTGCAGAGA-GTATGTCCCGAAGGGGEST: gi|192330548|gb|FK021251.1|FK021251
genomic: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatt ... gctcatgtagCCGACAT-GCAGAGAAGTATGTCC-GAAGGGG
EST: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGA CCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGGEST: gi|31307855|gb|CD393058.1|CD393058
genomic: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatt ... gctcatgtagCCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGG
EST: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGA CCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGGEST: gi|214004373|gb|DB985041.1|DB985041
genomic: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatt ... gctcatgtagCCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGG
EST: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGA CCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGG
genomic: ATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatt ... gctcatgtagCCGACATGCAGAGAAGTATGTCCGAAGGGGTAGATTGGACTGGCCAGAGGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATGGAGAGGGTGCTTGGTCCTATACCACAGCAGATGTTAAAGAGAGTTGAgtaagtgatttaccttgttttaactttctaccattatcatattatcaattgattgaacttgaacataaccgagtgtatcttttaccctgctcatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA