Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTAATGTGACGAAGAAATGTCTCCTTGCAGAAGGTTGGTGTCCTGTTTTTGCAACAAGTCAGgttcgtccttgaactatgaatttaatttctgatacattgtgcataaaccttcatgtaatgcagtttttactggctggtatagctaattaatttgattcaatacttgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G03010.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G03010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv18s0001g13410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
------------------------------------CATTAATGTGACGAAGAAATGTCTCCTTGCAGAAGGTTGGTGTCCTGTTTTTGCAACAAGTCAGgttcgtccttgaactatgaatttaatttctgatacattgtgcataaaccttcatgtaatgcagtttttactggctggt-ata-gctaattaatttgattcaatacttgacag
                                    |||| ||||||| || || |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||   | |||    | ||||||  | ||||      |    | | ||   | || | ||  | | || |     || | ||| ||   || ||||  ||||           
GGAGAAATCCATTTACCACACCTTAAATATGCTCAGCATTGATGTGACAAAAAAGTGTCTGGTGGCAGAAGGGTGGTGTCCTGTTTTTGCAACAAATCAGgt--attcttttcatgtgaatt--acttctcggttttcacac-tgaataattatattattaaatcttcatgaattgattatatgcatcttgattt--ttcag----------