1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
ACAAGTGCATCCTTAAAATTCACAGTGTTGAACCCTAAGGGCCGAATTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttctcttattttaacaccaaattcatagctaaaacatttgtaacattaagtgacaacttatgtagtacaatattaaaacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G04120.2 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTCATTTATGCTGATACG GTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGTEST: gi|57575455|gb|CX548430.1|CX548430
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGC
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGCEST: gi|6134722|gb|AW133115.1|AW133115
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGC
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTANGAGATCTTGGEST: gi|4397575|gb|AI496572.1|AI496572
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGG
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGCEST: gi|6725270|gb|AW309669.1|AW309669
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGC
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGCGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTAGAAGATCTTGGCTNTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGCEST: gi|58016426|gb|CX703168.1|CX703168
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGC
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGCEST: gi|19453151|gb|BM954561.1|BM954561
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGC
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGCEST: gi|6134504|gb|AW132897.1|AW132897
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGC
EST: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGCEST: gi|193357790|gb|FK318914.1|FK318914
genomic: TTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGC
EST: TGCTAGTGTTATCTATGCTGATACG GTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTAGAGCTTGGAA
genomic: TGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttct ... attaaaacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCT-GAGCTTGGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACAAGTGCATCCTTAAAATTCACAGTGTTGAACCCTAAGGGCCGAATTTGGACAATGGTAGCTGGGGGAGGTGCTAGTGTTATCTATGCTGATACGgtgtgtttctcttattttaacaccaaattcatagctaaaacatttgtaacattaagtgacaacttatgtagtacaatattaaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT