Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGACTACTTATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccacaatatacacaaaccatacaccctaatgcttaatgaattcaggacttttatctccaaattatagatcagcatgcatgataatgtagccattatctgctggaacagaattttaaatttgaatacttgtttcttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0084S00210.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31466779|gb|CD408807.1|CD408807
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCANAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|151395373|gb|EV265244.1|EV265244
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GG-TCTCCTTTCTGCAAACT-GTAC
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTAC
EST: gi|120495393|gb|EH223560.1|EH223560
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|213615448|gb|DB965520.1|DB965520
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|19348874|gb|BM893406.1|BM893406
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|209724770|gb|BW672552.1|BW672552
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTTGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|120529743|gb|EH257877.1|EH257877
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTTTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|209707531|gb|BW664990.1|BW664990
EST:     TCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: TCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|214006768|gb|DB987650.1|DB987650
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|209727805|gb|BW658729.1|BW658729
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|192314929|gb|FK010747.1|FK010747
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|15662186|gb|BI699557.1|BI699557
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|214009602|gb|DB988311.1|DB988311
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|51343312|gb|CO984045.1|CO984045
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|31465032|gb|CD407060.1|CD407060
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCNAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCCAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|120529184|gb|EH257318.1|EH257318
EST:     ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: ATACTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
EST: gi|5761024|gb|AI966387.1|AI966387
EST:     CTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAG                         GGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG
genomic: CTCCAGCGAAGTTCCCTCCAAAGCCTCTTAAATTATGGGCATATGAGgttggtccac ... tttcttttagGGGTCTCCTTTCTGCAAACTTGTACGTGAAGTACTTGTGGAATTGGAGCTG