Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTAGTGGACCTGGGCGTTGCAAGATAAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaattactaagttcttgaaatgttgacactttactctgcatggtttgtaaatctataatggaaactgaactgtgacataaattgccattgcttcatggacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G27000.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G27000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT2G14740.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
CTAGTGGACCTGGGCGTTGCAAGATAAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaattactaagttcttgaaatgttgacactttactctgcatggtttgtaaatctataatggaaactgaactgtgacataaattgccattgcttcatggacag
| || || || ||| | ||||  || |||||||||||||||||||||||||   |  |||||||||| |  |||||||||  |||||||  |  ||              |   | ||| |   || ||  | |   | | ||  |  || |||    | || |  || |||  ||  |||||       
CAAGCGGGCCAGGGAGATGCACAATCAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGAGCGAGATGGACATGCGTTCTCTGCTTGTGTGgttagtggtgtct--------------tctgcgcttaag--tgtataatctcacagtttagta-agatact----tctgtctcaacttgtaatgccttcag------

upper sequence: GLYMA20G27000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT2G14720.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
CTAGTGGACCTGGGCGTTGCAAGATAAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaattactaagttcttgaaatgttgacactttactctgcatggtttgtaaatctataatggaaactgaactgtgacataaattgccattgcttcatggacag
| || || || ||| | || |  || |||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |  |||||||||  |||||||  || ||        |   || |  ||||||     | ||  | |   | | ||  |  || |||    | || |  || |||  ||  |||||       
CAAGCGGGCCAGGGAGATGTACAATCAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGAGAGAGATGGACATGCGTTCTCTGCTTGTGTGgttagtggtttct---cctgcgccttgctt-cacttttaagcgtataatctcacagtttagta-agatact----tctgtctgaacttgtaatgccttcag------

upper sequence: GLYMA20G27000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv03s0091g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
CTAGTGGACCTGGGCGTTGCAAGATAAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaattactaagttcttgaaatgttgacactttactctgcatggtttgtaaatctataatggaaactgaactgtgacataaattgccattgcttc-atggacag
||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |     |||||||    |  || ||||||| |||| || ||    | |   ||   || || |    ||  | |   |  |||     | |  ||  ||   |  | |  ||  ||||||    ||  | | ||  ||||
CTAGTGGGCCTGGGAGGTGCAAGATAAACAATGGAGGTTGTTGGCATGACTCCCAAGATGGACAGAGCTTCTCCGCTTGTTTGgttggtgatattgacggattt---atttttatttatttatttatttatttttgttctttccaacaga---tagatttggatgtaaattcttctttttactatcaacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151401547|gb|EV271361.1|EV271361
EST:     AGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: AGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|207694596|gb|GD678331.1|GD678331
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|208340230|gb|GE136996.1|GE136996
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|208245170|gb|GE041578.1|GE041578
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|193323360|gb|FK290772.1|FK290772
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|151400595|gb|EV270409.1|EV270409
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAG-CTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|151407733|gb|EV277548.1|EV277548
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|298171587|gb|HO021179.1|HO021179
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGCGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|193308758|gb|FK273592.1|FK273592
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|193646745|gb|FK587464.1|FK587464
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|15286008|gb|BI469899.1|BI469899
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|207792678|gb|GD767412.1|GD767412
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|192304755|gb|FG994991.1|FG994991
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|298197470|gb|HO044949.1|HO044949
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCCAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTAGTGGACCTGGGCGTTGCAAGATAAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaattactaagttcttgaaatgttgacactttactctgcatggtttgtaaatctataatggaaactgaactgtgacataaattgccattgcttcatggacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC