Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAATGATATATGGTAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGGTGTTACCAGACGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggtacaactgatgttacatagtttcatttccttttatttgacataatgccttaatcttcatattggtgatatgttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G44860.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G44860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
CCAATGATATATGGTAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGGTGTTACCAGACGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggtacaactgatgt-tacatagtttcatttccttttatttga-cataatgccttaatcttcata--ttggtgatatg--ttacag-----
|||||||| |||||||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | || || || ||| ||||||||||||||||||| | |    ||  |    | ||   || ||     | ||||    |||| |  |||   ||| |||  |     |||||  || | |     
CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctattgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcag

upper sequence: GLYMA19G44860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv15s0048g02700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
CCAATGATATATGGTAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGGTGTTACCAGACGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggtacaactgatgttacatagtttcatttccttttatttgacataatg-----ccttaatcttcatattggtgat----atgttacag
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      ||        || ||      | |||||      || ||||      ||||    | ||| |||   |    ||  | |||
CCAGTGATATATGGTAGGGGGCCAATGCCAGCAGGAATGCATATGGTGCCAATGGTGCTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttgcagttccttccaaattatggtcatccctacttttccactgcagaatggtttttcttatagcttatactggccttggcaattatgcag