Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaattttatttgttttagtatttcattttattgctcctccaaaaccttccctctaatcacatgtgctttgtttgtta

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaattttatttgttttag--tatttcattttattgctcctccaaaaccttccctct-------aatcacatgtgctttgtttgtta--------
  |||||| | ||||| || ||||| |||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |     ||| |  |||| ||   |    || |  ||||| ||         |   ||||  ||| | | |          
-GTACCCTGTAATGACCCGTGCTTTGATGAAGGCAGGACGCCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaatcttatttttctccacctatgttttttttttttccagtaaatattttcccacttttggttggtttgatgtattttttctttcgtttgttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51335838|gb|CO979704.1|CO979704
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|192330118|gb|FK019773.1|FK019773
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|192312271|gb|FK005275.1|FK005275
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|207792174|gb|GD765508.1|GD765508
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|24206259|gb|BU965512.1|BU965512
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|208233662|gb|GE030913.1|GE030913
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|193388645|gb|FK357534.1|FK357534
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA