Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTAAATTTGTAGCAGAGAAACTGGGGTTGGATGGTTCCTATGTTCCTCGCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATGgtatgagccatcatacaaccttttgcttgttgtttacatttttgtatgctgaatcgctgatctgatcaaactgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G09080.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G09080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv17s0000g04650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TTGTAAATTTGTAGCAGAGAAACTGGGGTTGGATGGTTCCTATGTTCCTCGCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATGgtatgagccatcatacaaccttttgcttgttgtttacatttttgtatgctga-atcgctgatctgatcaaactgcag
|  ||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||  | ||| |    || |   |    || ||  ||| || |||  || |   |||||   |||||    |||
TGTTAAAAATGTAGCAGAGCAACTGGGTTTGGATGGTTCATATGTTCCTCGCACATATATAGAACACATTCAGCTGGAGAAGCTTGTGAATGATGTTATGgtatgatgcttcaaagtgactgtg--taaccgtgtat-tttctgcatgtggacaatcctgatacaatcaatacacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20448812|gb|BQ252936.1|BQ252936
EST:     GCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATG                         GCATTGCCAGATGATCTTAAGACAAAACTCAGCATAGATGATGACTTGGTT
genomic: GCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATGgtatgagcca ... caaactgcagGCATTGCCAGATGATCTTAAGACAAAACTCAGCATAGATGATGACTTGGTT
EST: gi|19348689|gb|BM893221.1|BM893221
EST:     GCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATG                         GCATTGCCAGATGATCTTAAGACAAAACTCAGCATAGATGATGACTTGGTT
genomic: GCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATGgtatgagcca ... caaactgcagGCATTGCCAGATGATCTTAAGACAAAACTCAGCATAGATGATGACTTGGTT
EST: gi|6566642|gb|AW234283.1|AW234283
EST:     GCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATG                         GCATTGCCAGATGATCTTAAGACAAAACTCAGCATAGATGATGACTTGGTT
genomic: GCACTTACATTGAACAAATCCAGCTTGAAAAGCTTGTAAATGATGTGATGgtatgagcca ... caaactgcagGCATTGCCAGATGATCTTAAGACAAAACTCAGCATAGATGATGACTTGGTT