Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATTGGGTACAAGTGGCTCCCTTGATGGACAGCAGAGATTGGTTGTAAAGGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtatttgttgtatgtgataatctgttttggtttcagaaatagaaggttggaaaagtatggaagttccatgttgagttagttgttgtttgtattgct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G38600.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G38600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv06s0004g08180.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GAATTGGGTACAAGTGGCTCCCTTGATGGACAGCAGAGATTGGTTGTAAAGGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtatttg-ttgt-atgtgataatctgttttggtt-tcagaaatagaaggttggaaaagtatggaagttcca-tgttgagttagttgttgtttgtattgct
||| | || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||| || | || ||||    ||| ||  |  ||   || ||| || |        |  | | | ||| |  ||  | | |     ||   |     
GAACTTGGGACAAGTGGATCGCTTGATGGACAGCAAAGATTAGTTGTGAAGGGAAGATTTGCACCAAAGAATTTTGAAGGGATCTTGCGAAGATATATCAgtaagtatttgattatgatttgatttattgtgttaatgatctataagagatggatattctctaagaggaataccagtaatgcatgaatacacattcagaa----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207815375|gb|GD786146.1|GD786146
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|193595184|gb|FK553917.1|FK553917
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATAC
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATAC
EST: gi|193702000|gb|FK635974.1|FK635974
EST:     GCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|151398862|gb|EV268733.1|EV268733
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|298182522|gb|HO031257.1|HO031257
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|298164264|gb|HO013909.1|HO013909
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|9983218|gb|BE657326.1|BE657326
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|192309791|gb|FG999920.1|FG999920
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTTTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|13787316|gb|BG649908.1|BG649908
EST:     GCGACGATATGTCA                         ATGAATACGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTACAA
genomic: GCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|192296247|gb|FG992263.1|FG992263
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTTTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|193720942|gb|FK661206.1|FK661206
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|10235771|gb|BE804659.1|BE804659
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAAAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
EST: gi|192299974|gb|FG991820.1|FG991820
EST:     GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCA                         ATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA
genomic: GGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtattt ... tttatctcagATGAATATGTTATTTGCCTTGGGTGCAAGAGTCCGGATACTATACTTTCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAATTGGGTACAAGTGGCTCCCTTGATGGACAGCAGAGATTGGTTGTAAAGGGAAGGTTTGCACCAAAGAACTTTGAAGGAATTCTGCGACGATATGTCAgtaagtatttgttgtatgtgataatctgttttggtttcagaaatagaaggttggaaaagtatggaagttccatgttgagttagttgttgtttgtattgct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaataga