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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATTTGGGGAAGATTTCGTTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatttaattttcccaccgtcaattatgtcctattaatttagtttttcatgcctaacgtgtttgctaacttggtaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G40130.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6567366|gb|AW234977.1|AW234977
EST:     TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGGAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|192331238|gb|FK020977.1|FK020977
EST:     TTGAAGACACGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|192331239|gb|FK020978.1|FK020978
EST:     TTGAAGACACGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|21285376|gb|BQ473247.1|BQ473247
EST:     TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGGAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|21285317|gb|BQ473188.1|BQ473188
EST:     TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGGAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|254316461|gb|GR827998.1|GR827998
EST:     TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|192326874|gb|FK015131.1|FK015131
EST:     TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|33387977|gb|CA851184.1|CA851184
EST:     TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC
EST: gi|23731199|gb|BU763711.1|BU763711
EST:     TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGT                         AATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGGAATAATTTTGATGAAATTGTC
genomic: TTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatt ... ttggtaacagAATGATGGTGATGTGAAAATAGTAGTTGGTAATAATTTTGATGAAATTGTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GCATTTGGGGAAGATTTCGTTGAAGACAAGCTAAAACCTTTTTACAAGTCAGATCCAGTTCCTGAAAGTgtatgttatttaattttcccaccgtcaattatgtcctattaatttagtttttcatgcctaacgtgtttgctaacttggtaacag

- - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - CAAGCT