Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGAGGTCTTCTTCCCATCCCATTTAATTCTACCCTAGGGGGGACTGCATCAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctctttaattacatatataggtgcttgactgcttgtacttttgctctttataagtttttgttggaaggcaactgactagtgactaacattgatttgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G34570.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208185706|gb|GD986349.1|GD986349
EST:     AGTCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATAT                         CTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
genomic: AG-CACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctc ... gatttgacagCTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
EST: gi|19053815|gb|BM732482.1|BM732482
EST:     CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATAT                         CTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTC
genomic: CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctc ... gatttgacagCTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTC
EST: gi|10253488|gb|BE821254.1|BE821254
EST:     CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATAT                         CTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
genomic: CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctc ... gatttgacagCTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
EST: gi|193550904|gb|FK507199.1|FK507199
EST:     TAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATAT                         CTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
genomic: TAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctc ... gatttgacagCTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
EST: gi|51342060|gb|CO983327.1|CO983327
EST:     CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATAT                         CTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
genomic: CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctc ... gatttgacagCTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
EST: gi|7926538|gb|AW832564.1|AW832564
EST:     CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATAT                         CTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
genomic: CAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctc ... gatttgacagCTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
EST: gi|208073152|gb|GD869855.1|GD869855
EST:     ACCATATTTCAACAATTAAAAACTATGGCATCAGACAAGCAATAT                         CTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG
genomic: ACCATATTTCAACAA-TAAAAAC-ATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctc ... gatttgacagCTCCATGATGTTGATGCTTGTACTTTCCTTGTCGAGCTGCAGCTAGAGCGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCGAGGTCTTCTTCCCATCCCATTTAATTCTACCCTAGGGGGGACTGCATCAGCACCACCATATTTCAACAATAAAAACATGGCATCAGACAAGCAATATgtatgtcctctttaattacatatataggtgcttgactgcttgtacttttgctctttataagtttttgttggaaggcaactgactagtgactaacattgatttgacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA