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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACTCTACTCCAAAGGATCCCCTGAATGTTCAAGTAACCAAAATCAAATGTCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaatttttttttatttgattccactatcctccataagtttcctacattaatattacttgaaaatgtgtttggtatattagttgttgattttctt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G33920.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31463649|gb|CD405677.1|CD405677
EST:     TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTG                         TGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
genomic: TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaat ... ttgattgcagTGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
EST: gi|8825720|gb|BE209386.1|BE209386
EST:     TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTG                         TGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
genomic: TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaat ... ttgattgcagTGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
EST: gi|22931171|gb|BU548310.1|BU548310
EST:     TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTG                         TGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
genomic: TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaat ... ttgattgcagTGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
EST: gi|31472409|gb|CD414437.1|CD414437
EST:     TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTG                         TGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
genomic: TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaat ... ttgattgcagTGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
EST: gi|151404895|gb|EV274709.1|EV274709
EST:     TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTG                         TGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
genomic: TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaat ... ttgattgcagTGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
EST: gi|17519618|gb|BM188660.1|BM188660
EST:     TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTG                         TGTCTGCTTTGG
genomic: TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaat ... ttgattgcagTGTCTGCTTTGG
EST: gi|151397360|gb|EV267233.1|EV267233
EST:     TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTG                         TGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC
genomic: TCTTGATGCAGAAGACACTTGTAATATTAATATCAGTCTCACCAGTCCTGgtgagtgaat ... ttgattgcagTGTCTGCTTTGGGCATTGGCCACTGGATGGGCCCAACAACGAGAATGTCAC