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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGATATGGACAGTACCAATATCTATGCCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaacctgtctaaattccccttgaaaatttaatttgtattgtcgattttatataataagttgcttagctattgtttttggcattgcatccgtgatcaatcattatttgataccacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G24360.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G24360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv10s0003g00300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
ACTGATATGGACAGTACCAATATCTATGCCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaacctgtctaaattccccttgaaaatttaatttgtattgtcgattttatataataagttgcttagctattgtttttggcattgcatccgtgatcaatcattatttgataccacag
||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||  | ||||| |||| ||| ||  |  |   || |      ||| |||  ||      |  | | |||| |  || | || || |  | | ||   || ||                              
ACTGACATGGACAGTACTAATATCTATGCTTATATTTCCATCATTGCTCTCATTGTCTGCATTCCACCGGCTCTCATTgtaagtgcaacatgatttgagatccttgagggttttgattccta-----aaactaaaataacagtttccata-ctttcatgtctgattttacag-----------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5753077|gb|AI960364.1|AI960364
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|9903135|gb|BE612103.1|BE612103
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|26269191|gb|CA820254.1|CA820254
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|20498046|gb|BQ272976.1|BQ272976
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|16995981|gb|BM085353.1|BM085353
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|22524864|gb|BU083675.1|BU083675
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|6134862|gb|AW133255.1|AW133255
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|207761787|gb|GD732884.1|GD732884
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTCTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCTACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCCATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|193628825|gb|FK577661.1|FK577661
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|9440042|gb|BE440553.1|BE440553
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|105634576|gb|DW247603.1|DW247603
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTCTGTATACCACCTGCCGTAATC                         TTGGAAGGGCCTACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCCATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|22540054|gb|BU089897.1|BU089897
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|20812531|gb|BQ297009.1|BQ297009
EST:     TGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: TGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|19053945|gb|BM732612.1|BM732612
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|17519168|gb|BM188210.1|BM188210
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|9903168|gb|BE612136.1|BE612136
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|7926336|gb|AW832362.1|AW832362
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         NTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|20448949|gb|BQ253073.1|BQ253073
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAAT
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAAT
EST: gi|7690957|gb|AW759092.1|AW759092
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|15000011|gb|BI320825.1|BI320825
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|9900710|gb|BE609678.1|BE609678
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATN                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCT
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCT
EST: gi|23053059|gb|BU577550.1|BU577550
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|5753079|gb|AI960366.1|AI960366
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|23057431|gb|BU578105.1|BU578105
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|26048112|gb|CA784701.1|CA784701
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|151395328|gb|EV265199.1|EV265199
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|7285024|gb|AW597511.1|AW597511
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
EST: gi|7691830|gb|AW759950.1|AW759950
EST:     CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATT                         TTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA
genomic: CCTACATTTCCATCATTGCTCTAATTGTGTGTATACCACCTGCCGTAATTgtgagtgaaa ... gataccacagTTGGAAGGGCCCACACTGTTGAAGCACGGCTTCAATGATGCTATTGCTAAA