Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGATGCTGGGAAAGAGGAAGTCGTTGCTGCACTCGTTGCCAATGTGAATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaaccttgttgaagaagatgaaacagaggcataattatactgaactgtgtgtcttaggacaccacggagaatagtatgttgttgaaatgttctctatgttgaattcatatttgtgatattgctgatgtttgtttatctatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G35390.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G35390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT5G53850.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
TGATGATGCTGGGAAAGAGGAAGTCGTTGCTGCACTCGTTGCCAATGTGAATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaaccttgttgaagaagatgaaacagaggcataattatactgaactgtgtgtcttaggacaccacggagaatagtatgttgttgaaatgttctctatgttgaattcatatttgtgatattgctgatgtttgtttatctatgcag
|| |||||  || |||||  | ||  |||| ||  | ||  | || ||  | || ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    |||           || |  | ||   | | | |||    |  | |||     | |  |      |   |||   || |       |  || | ||||  |                                           
TGCTGATGAAGGAAAAGAAAAGGTGATTGCCGCTATGGTCTCAAACGTAGAGGCAATGATAAGAGCTGATAGAAAGATCACTGCTTTAAAGGAATTGCAGgtgagcaaa----------aaaaaaaacaccccgcctttatt----tttattgttcacttcaatagtgtgtgagaaatgccatat------gaacttttgtatgcag-------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7234380|gb|AW569718.1|AW569718
EST:     ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG                         GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: gi|19269465|gb|BM885721.1|BM885721
EST:     ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG                         GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: gi|58018251|gb|CX704993.1|CX704993
EST:     ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG                         GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: gi|16342399|gb|BI967994.1|BI967994
EST:     ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG                         GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: gi|22522469|gb|BU081280.1|BU081280
EST:     ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG                         GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: gi|11274034|gb|BF324402.1|BF324402
EST:     ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG                         GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATGATGCTGGGAAAGAGGAAGTCGTTGCTGCACTCGTTGCCAATGTGAATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaaccttgttgaagaagatgaaacagaggcataattatactgaactgtgtgtcttaggacaccacggagaatagtatgttgttgaaatgttctctatgttgaattcatatttgtgatattgctgatgtttgtttatctatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA