Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGAGAGTACGGCGAAACTCTTCAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgttgattatacaaaatgattttttaaatatagataaatattaaattgtcttggaatttgtggttttaaatttgaatggttatttggaacaccaaaggttgaacttgtgaagcatgttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G33480.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G33480.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0211g00120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TTGGAGAGTACGGCGAAACTCTTCAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgttgattatacaaaatgattttttaaatatagataaatattaaattgtcttggaatttgtggttttaaatttgaatggttatttggaacaccaaaggttgaacttgtgaagcatgttacag
||||| |  |  || | ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||        |  |||||  ||       ||| |  | | | |    || | ||    ||| | | ||| |  |    || |  | |||||   | ||| ||  | || | ||| || | ||||
TTGGAAAAAAGTGCCACACTCTTCAGACCAAAACTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCCCGTCTCTATGATTATGCACGTATTCGCAAGgtaactg------caatcaaaacaatc------atacatctgagtttct--tttttttctctttttttggtttgacctcatttgatggtctggaaagtccaag-ttacatttttaaagtatttgacag

upper sequence: GLYMA09G33480.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0211g00070.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TTGGAGAGTACGGCGAAACTCTTCAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgttgattatacaaaatgattttttaaatatagataaatattaaattgtcttggaatttgtggttttaaatttgaatggttatttggaacaccaaaggttgaacttgtgaagcatgttacag
||||| |  |  || | ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||     || | |                  | |   | | |||   || ||||    ||| ||||||  |  |    || |  | |||||   | ||| ||  | || | ||| || | ||||
TTGGAAAAAAGTGCCACACTCTTCAGACCAAAACTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCCCGTCTCTATGATTATGCACATATTCGCAAGgtaact--gcaatcaca------------------acaatcatacatttttttctctt----tttttggttt-gacctcatttgatggtctggaaagtccaag-ttacatttttaaagtatttgacag

upper sequence: GLYMA09G33480.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0211g00100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TTGGAGAGTACGGCGAAACTCTTCAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgttgattatacaaaatgattttttaaatatagataaatattaaattgtcttggaatttgtggttttaaatttgaatggttatttggaacaccaaaggttgaacttg---tgaag-catgttacag---------
||||| |  |  || | ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||                                                                                                    |     ||     |          |    |||   |||   ||| | |  |         
TTGGAAAAAAGTGCCACACTCTTCAGACCAAAACTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCCCgtctctatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaacaatcatacatttttttctctttttttggtttgacctcatttgatggtctggaaag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208321679|gb|GE124240.1|GE124240
EST:     ATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATAGCACACATCAGT
genomic: ATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|193325818|gb|FK290257.1|FK290257
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAA
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAA
EST: gi|207738037|gb|GD715717.1|GD715717
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|193455615|gb|FK418780.1|FK418780
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAG
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAG
EST: gi|207729780|gb|GD707816.1|GD707816
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGG
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGG
EST: gi|208147254|gb|GD944935.1|GD944935
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|208312145|gb|GE101765.1|GE101765
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|208026490|gb|GD825364.1|GD825364
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|207773256|gb|GD743162.1|GD743162
EST:     ATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCGGATATGGCACACATCAGT
genomic: ATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|193623479|gb|FK576873.1|FK576873
EST:     TCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: TCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|208174760|gb|GD972109.1|GD972109
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACNGAAAGCTGTGCTGTTGGCAG
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAG
EST: gi|193425793|gb|FK386944.1|FK386944
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|193548498|gb|FK504931.1|FK504931
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATACGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|208278928|gb|GE076593.1|GE076593
EST:     ATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: ATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|207836622|gb|GD806619.1|GD806619
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTTGGCAGATATGGCACACATCAG
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTG-TTGGCAGATATGGCACACATCAG
EST: gi|208299856|gb|GE099635.1|GE099635
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|207785843|gb|GD755240.1|GD755240
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAG
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAG
EST: gi|208310108|gb|GE109374.1|GE109374
EST:     ACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGCTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: ACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|208317453|gb|GE114862.1|GE114862
EST:     ACGTACTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: ACGT-CTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|193443034|gb|FK407926.1|FK407926
EST:     CTGGAGCTACAGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAG                         GTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgtt ... catgttacagGTGTGTGATAAACAGAAAGCTGTGCTGTTGGCAGATATGGCACACATCAGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGGAGAGTACGGCGAAACTCTTCAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGAGCTACTGCTTATGCACGTCTGTATGATTATGCACGCATTCGCAAGgtaacttgttgattatacaaaatgattttttaaatatagataaatattaaattgtcttggaatttgtggttttaaatttgaatggttatttggaacaccaaaggttgaacttgtgaagcatgttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT