Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTCAAGGCCGTTGCCCTATGACACCGGAAGAGGTTGGATTGTTGCTAGCAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatgttgcttggtttgacacagtagagactcattcatctgaattagttcttgtattttctataatttaggaaattgattatgttttccttggttttaagttaagttggttgtgtttttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G33160.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151397506|gb|EV267379.1|EV267379
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         -TCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAA
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAA
EST: gi|17964389|gb|BM271125.1|BM271125
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|58022401|gb|CX709142.1|CX709142
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|12496084|gb|BG046886.1|BG046886
EST:     AGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATC-TGCCTTCTCACAGG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAA-TATNTTCNTC
genomic: AGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCC-TCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTAT-TTCCTC
EST: gi|21678323|gb|BQ630674.1|BQ630674
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|57574111|gb|CX547086.1|CX547086
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|19053704|gb|BM732371.1|BM732371
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|27425911|gb|CA937431.1|CA937431
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|193719450|gb|FK651404.1|FK651404
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|18732773|gb|BM527240.1|BM527240
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|208103902|gb|GD906847.1|GD906847
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|192308464|gb|FK000932.1|FK000932
EST:     CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAATAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
EST: gi|8286203|gb|BE023762.1|BE023762
EST:     CTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAG                         GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG
genomic: CTCGTTTATATCTTGCCTCTCACAAGgtaaaacatg ... tgtttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCTG