Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGAGAAATCTGCTACACTCTTCAGGCCAAAATTAATTGTTGCTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgcagtcacaagtatacggtatatgatgattttataaatagattgcatgttagaatttttattttcaccgagtaggataagactgttgtttttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G37270.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G37270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0211g00120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
ATGGAGAAATCTGCTACACTCTTCAGGCCAAAATTAATTGTTGCTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgcagtcacaagtatacggtatatga--tgattttataaatagattgcatgttagaatttttattttcaccgagtaggataagactgttgtttttt------------
 |||| |||  ||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||  |||| ||| ||  ||     || |||  |  |||| |   |   ||    ||| ||  |  | |  |   |  | | |   |   |    ||||              
TTGGAAAAAAGTGCCACACTCTTCAGACCAAAACTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCCCGTCTCTATGATTATGCACGTATTCGCAAGgtaac-tgcaatcaaaacaatcatacatctgagtttcttttttttctctttttttggtttgacctcatttgatggtctggaaagtccaagttacatttttaaagtatttgacag

upper sequence: GLYMA08G37270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0211g00070.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
ATGGAGAAATCTGCTACACTCTTCAGGCCAAAATTAATTGTTGCTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgcagtcacaag---tatacggtatatgatgattttataaatagattgcatgttagaatttttattttcaccgagtaggataagactgttgtttttt--
 |||| |||  ||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| || | | ||||||||||  |||| ||||||     ||||  | | |  |  |||| |   | ||   ||| | |   | |  |   ||  | |||   ||        | |||     
TTGGAAAAAAGTGCCACACTCTTCAGACCAAAACTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCCCGTCTCTATGATTATGCACATATTCGCAAGgtaac-tgcaatcacaacaatcatacatttttttctctttttttggtttgacctcatttgatggtctggaaagtc--caagttacatttttaaagtatttgacag

upper sequence: GLYMA08G37270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0211g00100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
ATGGAGAAATCTGCTACACTCTTCAGGCCAAAATTAATTGTTGCTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgcagtcacaagtatacggtatatgatgattttataaatagattgcatgttagaatttttattttcaccgagtaggataagactgt-tgtttttt----------------------------------------
 |||| |||  ||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||                                                                                                       |  |   |   ||||||                                        
TTGGAAAAAAGTGCCACACTCTTCAGACCAAAACTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCCCgtctctatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaacaatcatacatttttttctctttttttggtttgacctcatttgatggtctggaaag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209699627|gb|BW655719.1|BW655719
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|6134799|gb|AW133192.1|AW133192
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|9900480|gb|BE609448.1|BE609448
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|209699197|gb|BW656186.1|BW656186
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|213588396|gb|DB967882.1|DB967882
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|9439993|gb|BE440504.1|BE440504
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|209724195|gb|BW659729.1|BW659729
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|209715019|gb|BW650870.1|BW650870
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|17518985|gb|BM188027.1|BM188027
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|17400278|gb|BM177060.1|BM177060
EST:     GTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: GTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|209700117|gb|BW652975.1|BW652975
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|209715940|gb|BW650957.1|BW650957
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATC
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATC
EST: gi|120533233|gb|EH261366.1|EH261366
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTAT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTAT
EST: gi|22539787|gb|BU089630.1|BU089630
EST:     CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAG                         GTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgca ... catgttacagGTTTGCGATAAACAGAAAGCTATACTATTGGCAGATATGGCACACATCAGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGGAGAAATCTGCTACACTCTTCAGGCCAAAATTAATTGTTGCTGGAGCTAGCGCTTATGCACGTCTCTATGATTATGAACGTGTACGCAAGgtaatatgcagtcacaagtatacggtatatgatgattttataaatagattgcatgttagaatttttattttcaccgagtaggataagactgttgtttttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT