Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGGGAAGAAAAAACTGCAAATTTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatataattcatttatataatttttatataacatcagtgaattcaagggttttgtaaggaaatacaaattcatttttaattgttttacttccattccagatacgtaagtaatacatgattcaattgaccagtttctcaattgcatgtgacttcatagactcttccatattacaattttatattaattaatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G14780.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G14780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv07s0031g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TGGGGAAGAAAAAACTGCAAATTTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatataattcatttatataatttttatataacatcagtgaattcaagggttttgtaaggaaatacaaattcatttttaattgttttacttccattccagatacgtaagtaatacatgattcaattgaccagtttctcaattgcatgtgacttcatagactcttccatattacaattttatattaattaatgcag
|||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||  ||||       |||      | ||| || |||||    |||  ||    ||  |||    ||  | || ||   | |||  |  | | ||  ||   |    | | |   |    ||| |||||                                                                           
TGGGGAAGAGGAAACTGCAAATTTGTTGCTAGGCAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTCTTGTCTCTCAACAGgta-------att------tctaacttctatat----tcatagag---aaaagttcaaaaaccatatgca---ttattgatgctgggttccctagaacctgaaacatcaactgcatatatgat---------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192331293|gb|FK021004.1|FK021004
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|192331294|gb|FK021005.1|FK021005
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|57574219|gb|CX547194.1|CX547194
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|192320791|gb|FK013881.1|FK013881
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|192320790|gb|FK013880.1|FK013880
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTTTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|58022603|gb|CX709344.1|CX709344
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|192331184|gb|FK020951.1|FK020951
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|58018279|gb|CX705021.1|CX705021
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
EST: gi|192331185|gb|FK020952.1|FK020952
EST:     TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGG                         GGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC
genomic: TTGTTGCTTGACAAGTTCAAATGGGGCCATGCTTTTATGTCTCTGAATGGgtatgatata ... attaatgcagGGAATTACTGAGGGCCTACTCCAAATGCCAAAATAGTGCTGAAATTATATC