Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctggatacttttgaggttaatattatccagtttttgttgtttaaatcagcttatgagtttctattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G18530.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G18530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g27520.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctggatacttttgaggttaatattatc-cagtttttgttgtttaaatcagcttatgagtttctattgcag
||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||| |||  | |   || | |  ||||   |  ||  |||| ||      |  |  |   | || ||| ||    |||  ||||
GACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACGgtatgtt--gttgggtgca-atatttggtttgtattctatcacaacaacagcaggatttttgag-ttacgaaag-ctaccgcag

upper sequence: GLYMA06G18530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g27520.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
-----------------------------------GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctggatacttttgaggttaatattatc-cagtttttgttgtttaaatcagcttatgagtttctattgcag
                                   ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||| |||  | |   || | |  ||||   |  ||  |||| ||      |  |  |   | || ||| ||    |||  ||||
ATGTTTACGATTGGAATGGCTGTTGTTCTGTTCAGGACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACGgtatgtt--gttgggtgca-atatttggtttgtattctatcacaacaacagcaggatttttgag-ttacgaaag-ctaccgcag

upper sequence: GLYMA06G18530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G179308_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtt-tggctctctggatacttttgaggttaatattatccagtttttgttgtttaaatcagcttatgagtttctattgcag
||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||  | ||||| ||| ||| | |  |  |||     |||||  ||   ||   | |||        | | | | | |     || ||||   |   
GACTTGGATGGAGTTACCCATGTGATATCTGGAGTGTTGGTTGTATTCTTGTTGAGCTTTGCACGgtatgttattgtgccttgg-----tttgattttg-catgtacaagtacagaggatctgagttacc----aaggttctgcag---

upper sequence: GLYMA06G18530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctggatacttttgaggttaatattatccagtttttgttgtttaaatcagcttatgag--------tttctattgcag--
| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  |||| || |||||||| ||| ||||     |     | |  |  | |||  | |  |   ||     |||     || || ||||||         | |  ||| ||   
GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACGgtacgtttattaattaaattgcaatgcatgttg-tctctttttgtcggcattggaatgatgaggttatgatgcaacatttattcattacacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10846474|gb|BF069349.1|BF069349
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
EST: gi|208025821|gb|GD826655.1|GD826655
EST:     GGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
genomic: GGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
EST: gi|7925599|gb|AW831625.1|AW831625
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATTTGGCCATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
EST: gi|192330548|gb|FK021251.1|FK021251
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
EST: gi|193389612|gb|FK357199.1|FK357199
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCCTGGCCATGAT
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATC-TGGCCATGAT
EST: gi|31307855|gb|CD393058.1|CD393058
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
EST: gi|15201058|gb|BI424670.1|BI424670
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTT
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTT
EST: gi|10232123|gb|BE801011.1|BE801011
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGATG
EST: gi|214004373|gb|DB985041.1|DB985041
EST:     ATGTGATATATGGAGTGTGGG-AGCTATACTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGC-TTATAGGCTGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGAT
genomic: ATGTGATATATGGAGTGTGGGTTG-TATACTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGT-TTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCCATGAT