Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgcatttgcttgatatcttttaggcatctaattcagatgattgaaacccttttatgtttcacttttagctctcttcaatcgggcttct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G09320.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g09570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgcatttgcttgatatcttttaggcatctaattcagatgat-tgaaacccttttatgtttcacttttagctctcttcaatcgggcttct
||||| |||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||| |        || || ||   || | | |     |     || ||  |   | |   |  || |   |  ||  |  |  || | |  |       
GCGGTGGAGGAGGCTCAGAGGGCCATCAATGCTGCTCATGTTGAGGCTGAGAGTGCAGAGAATGGCATTGGTGTTGTGAAACTAATGGGGCGCAACAGTGgtatgtacctccccaatatgattatgatttatgaacttgcccccacatattctaccagaaagtactaaggagc-tttaaaatttactgctacag-------

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g05860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgcatttgcttgatatcttttaggcatctaattcagatgattgaaacccttttatgtttcacttttagctctcttcaatcgggcttct--------
|| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||| |||    |||||||| || ||  | |||||||||||||| ||  |||||||||||  | ||| ||    |    || || |   || ||  ||     || ||| |  || |  |||  ||   |   |  ||    |||| |    | |        
GCAGTTGAGGAGGCCCAACGTGCAATAAATGCTGCTCATGTAGAAGCTGGAAGCGCCGAGAATGGTATAGGCCTCGTAAAGCTAATGGGTCGACACAGTGgtatgttt-cttggccacagtgatatgtcgtgctggaatgaaac----attatt-agcccatcatatacttaggtc--aattcagcacaatagtttctatgctaatat

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM5G816636_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgcatttgcttgatatctt-ttag--gcatctaattca-gatgattgaaacccttttatgtttcacttttagctctcttcaatcgggcttct
|| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||| ||||  ||||||||| || ||| | || ||||||||||| ||  ||||||||| ||    | |      |    |||| |   |||   ||| | || |  ||||  ||  |    | | |||        || ||||     ||    || | 
GCAGTTGAGGAGGCTCAACGTGCAATAAATGCTGCTCATGTGGAAGCTGTAAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTCGTCAAGCTAATGGGCCGGCACAGTGgtaagc---ttctatgagagaccaatatgtggctagtaacatatgatacttgatgcctgtcaattgtatgtgtcaactaactaactcttgggtatgtatctgc-

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G443985_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgcatttgcttgatatcttttaggcatctaattcagatgattgaaacccttttatgtttcacttttagctctcttcaatcgggcttct---
|| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||| ||||  ||||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||    | | |    |    |||  || |    || ||    |  ||    | |    | |   ||       || ||||     ||    || ||   
GCAGTCGAGGAGGCTCAACGTGCAATAAATGCTGCTCATGTGGAGGCTGTAAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagc---ttctacgagaggcgaataaattatgctaatatacgatatctgtcaaatatatgtgtcaattaattaactaactcttgagtatttctctgctaat

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM5G879882_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactt-tgcatttgcttgatatcttttaggcatctaattcagatgattgaaacccttttatgtttcacttttagctctcttcaatcgggcttct----------------------------------
|| || || || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||| ||||| || ||| | || ||||| ||||| || || ||||||| |  | | |    |    ||  | |   || | || |     ||| |   | | |     ||  |||||   |||||  | |   | ||     |                                     
GCTGTAGAAGAAGCCCAGCGTGCCATTAATGCAGCTCATGTGGAAGCTTCAAGTGCTGAAAATGGAATAGGTTTAGTGAAGCTTATGGGTCGCTATAGTGgtaagtttccctgcatacaaactgaagaatgttcatgctttc---tcaaagcgtagtagtttcttgttgttttttttttacattttaactatttcattatgttgtccttactgtgatacttccttgcggatgcag

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT4G32840.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgcatttgcttgatatcttttaggcatctaatt--cagatgattgaaa---cccttttatgtt-tcacttttagctctctt---caatcg---ggcttct---------
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    ||| | || || ||||||||  |||| ||||||||||| || |||||||||| |   ||     | |     || | |  | | ||||  || |   |||  |  |||    |   |||||| | | |||     | || ||    ||||     ||||||         
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCTATTAATGCAGCGCATGTTGAAGCGACCAGTGTGGAAAACGGCATTGGAATTGTCAAGCTAATGGGTCGGTACAGTGgtaagttcacagaagaatc-taggagagcagtaatgcatacaaatattagaccacagaagtatcttctttatgatgttactccctacgcttttatctaatcttacagcttctacactgcag

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g00520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgta---------tgcatactttgcatt------tgcttgatatcttttaggcatctaattcagatgattgaaacccttttat--gtttcactttt--agctctcttcaatcgggcttct-----------------------------------------
|| ||||| || || || |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||| ||||||||||         |  ||| ||   |||      | ||| | |  |||||    | ||| | |  |||   |       ||||  | ||   | |   |||    | |||     |||                                           
GCTGTTGAAGAAGCACAGCGTGCCATTAATGCGGCACATGTTGAATCTGAAAGTATTGAGAATGGTATTGGCATGGTGAAGCTAATGGGACGCTACAGTGgtaacttttacatttatatttgatattcagatttacttaaaagtttttaactgtgtaagtgaagtgaggaacgttgaattattggatttgttgtgcaagcctcttccaagtaatcttgatttccaatttttcctacaaagtatttggatttgatgtgcag

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S81_165V6.3 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 10
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgc-----atttgcttgatatcttttaggcatcta--attcagatgattgaaacccttttatgtttcacttttagctctcttcaatcgggcttct-------------------------------------------------
|| ||||| || || || ||||| |||||||| || || || |||||||| ||| || | |||||||||||  | || ||||| |||||||| |||||||||||| | | ||||      |   |   |||    |  |  ||| ||  |||    |  |    ||      ||   ||  || |  || | ||  |   | |  ||                                                 
GCAGTTGAAGAAGCACAGCGTGCAATTAATGCTGCGCACGTGGAAGCTGAGAGTGTTCATAATGGCATTGGATTGGTCAAGCTTATGGGACGATACAGTGgtatg-aaattttgttgaagaaacgtcggattctgtgaaatcatttagaattagattcgtcttgacaaccccattgctc-tttctgtctatattggagatgacgccttgaaatactgaaatgctagtatctgagaaaaactttttaattgatgcag

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S131_40V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 9
GCGGTTGAGGAGGCTCAACGTGCCATTAATGCAGCTCATGTTGAAGCTGAAAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatactttgcatt-tgcttgatatcttttaggcatc-taattcagatgattgaaaccct----tttatgtttcactt--ttagctctcttcaatcgggcttct------------------------------------------
|| || || || ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||| || |||||||  ||||  | || ||||| |||||||| || ||||||  | ||  || |||   | |     |   || | ||| | ||  |||| |||||      |     ||      | | |   || |||| ||||  |   | |  |                                          
GCAGTGGAAGAAGCTCAGCGTGCAATCAATGCAGCTCATGTGGAAGCTGAGAGTGTTCAGAATGGTCTTGGCTTAGTCAAGCTGATGGGACGCTATAGTGgtgag-atttttagcagaatacccaccaatattcaagcaacatacatcagctgatttgctttcaggagttgggacctgaatgaatttgctcccttctctaatgttattttggtttgttttgtaggctgattgatttactttgtggcgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7234013|gb|AW569354.1|AW569354
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|193528069|gb|FK484691.1|FK484691
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGC
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTA-TTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGC
EST: gi|57576052|gb|CX549023.1|CX549023
EST:     ATGGGACGTTACAGTT                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGTTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: ATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|193721856|gb|FK659432.1|FK659432
EST:     AGTNTTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTG
genomic: AGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGT-Ggtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTG
EST: gi|208029594|gb|GD831972.1|GD831972
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208174913|gb|GD970372.1|GD970372
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATCGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|7234213|gb|AW569552.1|AW569552
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|207741112|gb|GD717108.1|GD717108
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|193340367|gb|FK307470.1|FK307470
EST:     CATTGGTGTTGTTAAAGTCTAATGGGTACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: CATTGGTGTTG-TAAAG-CTAATGGG-ACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208215427|gb|GE012456.1|GE012456
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|207801521|gb|GD773885.1|GD773885
EST:     AAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208173122|gb|GD970677.1|GD970677
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208254355|gb|GE052105.1|GE052105
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208330911|gb|GE126416.1|GE126416
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208077070|gb|GD879135.1|GD879135
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT