Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTCGTTTGTTTGTTGCTGATGGAGGCGAATTGCTGGTAGCACAAAGCTATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaacttcaaagcattaaatggagagaatgaagttttttattagtgacgataattgaattatgcatgttttttgtcccattgaatcttgttattttc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08670.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17023801|gb|BM094835.1|BM094835
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|6725700|gb|AW310099.1|AW310099
EST:     TGC-AAGAAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: TGCAAAG-AATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|6746798|gb|AW317254.1|AW317254
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254340295|gb|GR858420.1|GR858420
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|15662685|gb|BI700056.1|BI700056
EST:     CAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: CAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|7590445|gb|AW706197.1|AW706197
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254323227|gb|GR840032.1|GR840032
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|8403661|gb|BE059295.1|BE059295
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|19270398|gb|BM886654.1|BM886654
EST:     ATTCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTCAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|7686676|gb|AW757333.1|AW757333
EST:     ATGCACAGAATCTGAGTCTTTATGGTGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GGCTGCAAGTCAGCTGATGTGGCAAGCAGGTTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|37994228|gb|CF805974.1|CF805974
EST:     TTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: TTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|13181381|gb|BG352782.1|BG352782
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254340294|gb|GR858419.1|GR858419
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|209696908|gb|BW660473.1|BW660473
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254323228|gb|GR840033.1|GR840033
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCG-CTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|120493721|gb|EH221888.1|EH221888
EST:     ATGCAAAGAATTTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|298196784|gb|HO041527.1|HO041527
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|19346696|gb|BM891576.1|BM891576
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|18040205|gb|BM308499.1|BM308499
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|15813436|gb|BI785711.1|BI785711
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTCGTTTGTTTGTTGCTGATGGAGGCGAATTGCTGGTAGCACAAAGCTATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaacttcaaagcattaaatggagagaatgaagttttttattagtgacgataattgaattatgcatgttttttgtcccattgaatcttgttattttc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA