1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GCCTAATGAACAATCAAGGATGGAAATTCTTAAGATTCATGCTGCTGGAATTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcagttggcttgggtggattttatcaacagttagcgcatgtctgatgtatttgcaattcttgtgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G03230.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAEST: gi|208330578|gb|GE128029.1|GE128029
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAEST: gi|151393977|gb|EV263848.1|EV263848
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAEST: gi|24135574|gb|BU926084.1|BU926084
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGGTGTTGTGAAGCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGGTGATCTTCGGAATGTCTGCACATAAGCTGGAATGGCAEST: gi|26058654|gb|CA801568.1|CA801568
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAEST: gi|254346176|gb|GR859789.1|GR859789
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAEST: gi|254346175|gb|GR859788.1|GR859788
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGA-GCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGEST: gi|19346305|gb|BM891185.1|BM891185
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGG
EST: GAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
genomic: GAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCCTAATGAACAATCAAGGATGGAAATTCTTAAGATTCATGCTGCTGGAATTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcagttggcttgggtggattttatcaacagttagcgcatgtctgatgtatttgcaattcttgtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC