Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacatttacgtaaacgagctgtactttgaaaatcagttcagtgtatctgtatcctagtattttcaaaggccaattgcatattagtgcgtgtaaac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G00230.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G00230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0585g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacatttacgtaaacg--agctgtactttgaaaatcagttcagtgtatctgtatcctagtattttcaaaggcc--aattgcatattagtgcgtgtaaac
|||||| || |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||  || | |||||||||||||||   || |  ||      | | |     |||   |  |||| | |    ||  ||   | || || |    |   | |||  ||||  |  |  |    
GATGGAGCAGATCCAAGTGTTAGAAGTAAGGCCTTGAGTTATGATCAACTAGCATATATGCAGgtatattgtttcatatatgtattatcaggtagatgatgttgtgttctgggagcatggttcagtgcatcttaatcatctgtacttggttattgattgggtt----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208238082|gb|GE040430.1|GE040430
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCTGGAGAGTTAACTGCT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCTGGAGAGTTAACTGCT
EST: gi|209705954|gb|BW661771.1|BW661771
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACC
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACC