Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATTAATTGGCCATTTTGATTTGGATCCAAATCGTGTTTTTGATATTgtaagttggatctttttgattgatttttattattaattcacatttctatataaagtttttgtttcatgttttatttaactactgatgtatgttttatcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34330.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G34330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT1G24706.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
TCATTAATTGGCCATTTTGATTTGGATCCAAATCGTGTTTTTGATATTgtaagttggatctttttgattgatttttattattaattcacatttctatataaagtttttgtttcatgttttatttaactactgatgtatgttttatcag----------
||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||    || || | ||   |  |||| ||  || | |||     |||| |  |   | |    ||     | | || | |||||   ||| |             
TCATTAATTGGGCATTTTGACCTGGATCCAAACCGTGTTTTCGACATTgtaagttttcactgtt-gcttctgtcatatttttgtttgatatt---gcataacgcatcaatctgtccttcccgattagtaataatgtaccctttgtttttgatgaatag

upper sequence: GLYMA05G34330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv01s0011g06120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TCATTAATTGGCCATTTTGATTTGGATCCAAATCGTGTTTTTGATATTgtaagttgga---tctttttgattgatttttattattaattc-acatttct-atataaagtttttgtttcatgttttattta--actactgatgtatgttttatcag------------------
||||||||||| || |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |   | | |||   | |||  | |   || ||  |  |||||  |||    |   |  |  | | |||  | |  |  | || | |||| ||  | |                   
TCATTAATTGGACACTTTGATCTGGACCCAAACCGTGTCTTTGATATTgtaagttgtaaattttatttttctaattgatgtgcctattttgatgtttcttgtatgtgttcaattgtgaaggatttgatgattagaattggtatatggttgttgatcatccttcaatgcctcag

upper sequence: GLYMA05G34330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S80_87V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
TCATTAATTGGCCATTTTGATTTGGATCCAAATCGTGTTTTTGATATTgtaagt-tggatctttttgattgatttttattattaattcacatttctatataaagtttttgtttcatgttttatt--taactactgatgtatgttttatcag
|| || || || ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||  |   | |  || |||       | |     |||| |    |   |  | ||||| || ||  ||| |||  |    |        |||   | |  
TCGTTGATCGGTCATTTTGATCTGGACCCAAATCGTGTCTTTGATATTgtaagcatacctttccttcatttgcaaacactggggtttcaaagga-tgcctccaatttttatt-caaatttgattactggacatcacaccgtgtgggaacg-