Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGATTGAAAAGTTAAAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcctgattgttggctatagtttttttgtagtttacacacacacacatattcttaaatcgagagttgcccagtctgtatttggatgctttgtca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G14330.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G14330.2 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
AGAGATTGAAAAGTTAAAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcctgattgttggctatagtttttttgtagtttacacacacacacatattcttaaatcgagagttgcccagtctgta--tttggatgctttgtca-
||||||||| ||||| |||||| ||||  || | ||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||| |  |  ||  || |  |  | |||    ||||        |||  |  | |  || | | ||  |   | |  |  ||||  |  | | | | 
AGAGATTGAGAAGTTGAAGCTTTCTGAATTGTCTTGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTAGCCAAGATgtgagtagcat--tcttttactgttataatattgcctgttacgttttgtgacac-tgatcatgtctatattttactgtttttcacttttgtttaatatataaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192295112|gb|FG986831.1|FG986831
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGGAGTTCATGATGAGGCAAAG-ACAAAGATTTTGAGCTAGAAA
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGG-AGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAA
EST: gi|192295381|gb|FG986995.1|FG986995
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|31309584|gb|CD394787.1|CD394787
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|192312343|gb|FK005347.1|FK005347
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|192320029|gb|FK013357.1|FK013357
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|192324604|gb|FK018730.1|FK018730
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAG-ACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|151400518|gb|EV270332.1|EV270332
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAA-T                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTT-GAGCTAGAA-T
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|15202371|gb|BI425366.1|BI425366
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|213590582|gb|DB973327.1|DB973327
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAANAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAG
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAG
EST: gi|22927906|gb|BU545045.1|BU545045
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAN                         NNTATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|14205743|gb|BG839421.1|BG839421
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|192332050|gb|FK024552.1|FK024552
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|151409026|gb|EV278834.1|EV278834
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGC
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGC
EST: gi|254338069|gb|GR849701.1|GR849701
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|151410622|gb|EV280437.1|EV280437
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAA
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGG-AGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAA
EST: gi|192303719|gb|FG994557.1|FG994557
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAA-T
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|17963995|gb|BM270737.1|BM270737
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|192320028|gb|FK013356.1|FK013356
EST:     AAGCTTGGTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGGGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|9439895|gb|BE440407.1|BE440407
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|151411428|gb|EV281239.1|EV281239
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|298174725|gb|HO014756.1|HO014756
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|207713803|gb|GD696262.1|GD696262
EST:     AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: AAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
EST: gi|208218490|gb|GE017530.1|GE017530
EST:     ACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAAT                         TATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT
genomic: ACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcc ... tgccaagcagTATATATGGAGTTCATGATGAGGCAAAGGACAAAGATTTTGAGCTAGAAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAGATTGAAAAGTTAAAGCTTGCTGATATGACATGTCGACAAGGGGTTATTGAAGTGGCTAAAATgtaagtagcctgattgttggctatagtttttttgtagtttacacacacacacatattcttaaatcgagagttgcccagtctgtatttggatgctttgtca

- - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG