Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTGGGCTTCTGGGATGCTAGATTGGAAGAAGTTGCGTGATATCCGTGAGCTTCGTTGGGCACTTGCCCTCAGAGTTCCTGTCCTTACCCCACCTCAGgtagaatcatgctggacttggaagataatattgataataatttttttgtgatgttttctatagctttagtgctgttatgttgaattgttgataagtgata...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G08040.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G08040.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv11s0016g04420.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GTTTTGGGCTTCTGGGATGCTAGATTGGAAGAAGTTGCGTGATATCCGTGAGCTTCGTTGGGCACTTGCCCTCAGAGTTCCTGTCCTTACCCCACCTCAGgtagaatcatgctggacttggaagataatattgataataatttttttgtgatgtttt---ctatagctttagtgctgttatgttgaattgttgataagtgata
||  |||||||||||||||  |||||||||||  || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||  |  | |||||||| |||||  || | ||||||   |  |  |   | ||     |    |  ||| ||  || |   || |   ||   || |   || | |     || ||| | ||    | ||      
GTGCTGGGCTTCTGGGATGTCAGATTGGAAGAGATTACGTGATATCCGTGAACTTCGGTGGGCACTAGCTGTTCGGGTTCCTGTTCTTACTTCAACGCAGgtactgttgtattatgcatgtttacttgagtctatattacattgtgaatgctacattgcactttgagttgattttgactaagtttacttcaccacaaact---