Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACAgtatgtttggctctttcaaaacctttatacaaagcacatttatccatctcatatcatagattgtattctataattcatgaatttgtattacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G02740.3
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G02740.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g27520.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACAgtatgtttggctctttcaaaacctttatacaaagcacatttatccatctcatatcatagattgtattctataattcatgaatttgtattacag
||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||||||| |||||||        |      |  |||         |||      | ||| | ||      | ||| | | | | | |||    ||   |||
GACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACGgtatgttg-------ttgggtgcaatatttggtttgtattc-----tatcacaacaacagcaggatttt-tgagttacgaaagc-taccgcag

upper sequence: GLYMA05G02740.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g27520.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
-----------------------------------GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACAgtatgtttggctctttcaaaacctttatacaaagcacatttatccatctcatatcatagattgtattctataattcatgaatttgtattacag
                                   ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||||||| |||||||        |      |  |||         |||      | ||| | ||      | ||| | | | | | |||    ||   |||
ATGTTTACGATTGGAATGGCTGTTGTTCTGTTCAGGACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACGgtatgttg-------ttgggtgcaatatttggtttgtattc-----tatcacaacaacagcaggatttt-tgagttacgaaagc-taccgcag

upper sequence: GLYMA05G02740.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACAgtatgtttggctctttcaaaacctttatacaaagcacatttatccatct-catatcatagattgtattct-ataattcatgaatttgtattacag
| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| ||||     ||   |||     || ||       | | |   ||  |||   |  |||    || | ||    |||  |||  |   ||||
GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACGgtacgtttattaatt---aaattgcaatgcatgttgtctctttttgtcggcattggaatgatgaggttatgatgcaacatttattcattacacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254323902|gb|GR840435.1|GR840435
EST:     GTTGAATTATGCACA                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTTGCAATGATG
genomic: GTTGAATTATGCACAgtatgtttgg ... tgtattacagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTTGCAATGATG
EST: gi|21994008|gb|BQ785536.1|BQ785536
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGNGATGTATATTGGTTGAATTATGCACA                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTTG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACAgtatgtttgg ... tgtattacagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTTG
EST: gi|58016463|gb|CX703205.1|CX703205
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACA                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTTGCAATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACAgtatgtttgg ... tgtattacagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTTGCAATGATG