Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTTTCAATGGTCAACCAGTGAAAAACCTGAAGAGCCTAGCCACTATGGTAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgccatccttccccgttttatgtgcttgtgtgaaaatggcagtagccttattaactaactaatcctcttatatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G01930.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G01930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv17s0000g07900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TGCTTTCAATGGTCAACCAGTGAAAAACCTGAAGAGCCTAGCCACTATGGTAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgccatccttccccgt-tttatgtgcttgtgtgaaaatgg---cagtagccttattaactaactaatcctcttat-atgcag
|||| |||||||| | || ||||| || ||||||||| | ||||  ||||||||||||||  |||| |||| | | |||||||||||||| ||  | ||||| | ||  |  ||  ||    | | ||| |  || |    | |  |   || ||   || |    ||     |  | ||   ||||||
TGCTCTCAATGGTAAGCCTGTGAAGAATCTGAAGAGCTTGGCCAACATGGTAGAGAGCTGTGATGACGAATTTTTGAAATTTGATCTAGAATACCAGCAGgtcctctctctctctctctatctatctatcttgttctcaacacaccgactcactatttttttctgttactctgtgtttttgcgatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192310883|gb|FG998887.1|FG998887
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|23728418|gb|BU762261.1|BU762261
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGTTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|26057704|gb|CA800618.1|CA800618
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATAGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|14991232|gb|BI316905.1|BI316905
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|51345186|gb|CO985919.1|CO985919
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|209699265|gb|BW670227.1|BW670227
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|7590880|gb|AW706623.1|AW706623
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATAGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCTTTCAATGGTCAACCAGTGAAAAACCTGAAGAGCCTAGCCACTATGGTAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgccatccttccccgttttatgtgcttgtgtgaaaatggcagtagccttattaactaactaatcctcttatatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC