Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctggatactttttaggcaattttatccagttttgtttgtttaaatcagcttatgggcttctattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G36360.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G36360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g27520.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctg-gatactttttaggcaattttatccagttttgtttgtttaaatcagcttatgggcttctattgcag
||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||||||| ||| |||  | |   ||  ||| ||  |  | | | |    ||         |  |   | || ||| |     |||  ||||
GACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACGgtatgtt--gttgggtgcaatatttggtttgtattctatcacaacaacagcaggatttttgag-ttacgaaag-ctaccgcag

upper sequence: GLYMA04G36360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g27520.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
-----------------------------------GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctg-gatactttttaggcaattttatccagttttgtttgtttaaatcagcttatgggcttctattgcag
                                   ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||||||| ||| |||  | |   ||  ||| ||  |  | | | |    ||         |  |   | || ||| |     |||  ||||
ATGTTTACGATTGGAATGGCTGTTGTTCTGTTCAGGACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACGgtatgtt--gttgggtgcaatatttggtttgtattctatcacaacaacagcaggatttttgag-ttacgaaag-ctaccgcag

upper sequence: GLYMA04G36360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttggctctctggatactttttaggcaattttatccagttttgtttgtttaaatcagcttatgg----gcttctattgcag-------
| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||| ||||     |     | |  |  | |   | |  |   ||     |||     || || |||||      | | |||| ||        
GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACGgtacgtttattaattaaattgcaatgcatgttgtctctttttgtcggcattggaatgatgaggttatgatgcaacatttatt-cattacacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207781245|gb|GD752312.1|GD752312
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCTATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCTATGATG
EST: gi|58021621|gb|CX708362.1|CX708362
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCTATGATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATGAAAATTTAGAGCATCTGGCTATGATG
EST: gi|208318486|gb|GE110295.1|GE110295
EST:     ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACT                         GGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATG
genomic: ATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACTgtaagtttgg ... tctattgcagGGTGAAGCTTTGTTTCAGACTCATG