Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttaaaaacctccaagtattaattctattgcttaattgcgtacaaaactatttagtgactattgatgcttaattaggtttaatcatgtatagtgctttttccctcgttcaatttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G12950.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT4G35450.5 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagt-cttttcattttgtgttttaaaa-acctcca---agtattaattctattgcttaattgcgtacaaaactatttagtgactattgatgcttaattaggtttaatcatgtatagtgctttttccctcgttcaatttgcag
|  ||||  | || || || ||||||||  |||| |||||||| |||||||| || || || || |||||   ||||||||| || ||||||||||||||||||||    |    || |   | |  | ||| | |||||   |  | |  |||      ||||||   |       |  ||  ||  | | | |||                                                  
TTAATGCGGTTGACAAAAACAAGAACACACCTCTGCATTATGCTGCTGGTTACGGGAGGAAAGAGTGTGTAAGCCTTCTCCTGGAGAATGGTGCTGCAGTgtaagtctcacaacacagtacttataatgaaacaactccattaaacactgtttcaggactttaattatatgtgct-ttggttgatgtgtgtggttgcag------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttaaaaacctccaagtattaattctattgcttaattgcgtacaaaactatttagtgactattgatgcttaattaggtttaatcatgtatagtgctttttccctcgttcaatttgcag
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||    |    ||   | | |||||| | |   |   | || ||      |||||| |    ||  | | ||||  |   |  | |  |||      |                                         
TGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGAAGGAGTGTGTAGCACTTCTGCTGGAGAATGGTGCTGCAGTgtaagccaaca--acagcctcttttttaacatctctctgttctttat----gggcttaact-tacactgatccatttctttttttcttactcttgtggcag-----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31457503|gb|CD399531.1|CD399531
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCTATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|254338267|gb|GR849792.1|GR849792
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|9898733|gb|BE607701.1|BE607701
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|213611202|gb|DB975020.1|DB975020
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|31458856|gb|CD400884.1|CD400884
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTG-AAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|23726172|gb|BU761069.1|BU761069
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|193381583|gb|FK348910.1|FK348910
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAA-
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|4313567|gb|AI460686.1|AI460686
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|17400643|gb|BM177425.1|BM177425
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|193716474|gb|FK652506.1|FK652506
EST:     GAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: GAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|14126715|gb|BG791153.1|BG791153
EST:     GCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: GCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|6724720|gb|AW309053.1|AW309053
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|9564642|gb|BE474151.1|BE474151
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|10256002|gb|BE823768.1|BE823768
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|254338266|gb|GR849791.1|GR849791
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|31472310|gb|CD414338.1|CD414338
EST:     AAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: AAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|209727250|gb|BW663311.1|BW663311
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|58018407|gb|CX705149.1|CX705149
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|208034626|gb|GD836790.1|GD836790
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|14999888|gb|BI320702.1|BI320702
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|9258071|gb|BE346218.1|BE346218
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttaaaaacctccaagtattaattctattgcttaattgcgtacaaaactatttagtgactattgatgcttaattaggtttaatcatgtatagtgctttttccctcgttcaatttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG