Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacatttacataaatgagctgtactttgaaaatcagttcggtatatctgtatcctagtattttcaattttcaaaggccaattacatgttgtacat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G00200.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G00200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0585g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacatttacataaatg--agctgtactttgaaaatcagttcggtatatctgtatcctagtattttcaattttcaaaggccaattacatgttgtacat
|||||| || |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||  || | |||||||||||||||   || | |||  |   | | |     |||   |  |||| |      ||  ||   | || || |||  ||         |||    |||     
GATGGAGCAGATCCAAGTGTTAGAAGTAAGGCCTTGAGTTATGATCAACTAGCATATATGCAGgtatattgtttcatatatgtattatcaggtagatgatgttgtgttctgggagcatggttcagtgcatctt-aatcatctgtacttggttattgattgggtt-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208029688|gb|GD832066.1|GD832066
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCTGGAGAGTTAACTGCT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
EST: gi|193374461|gb|FK340337.1|FK340337
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
EST: gi|192297484|gb|FG989519.1|FG989519
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
EST: gi|207696709|gb|GD676984.1|GD676984
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACT
EST: gi|193308761|gb|FK273595.1|FK273595
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
EST: gi|193331684|gb|FK293340.1|FK293340
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
EST: gi|193382272|gb|FK348031.1|FK348031
EST:     CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG                         CACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT
genomic: CAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAGgtatatacat ... tttgatgcagCACTTGGATTTTGAACCAGTTCAAACTGAACGGCCAGGAGAGTTAACTGCT