1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TCCAGTAATTCCCAACATGACAAACTCATCTGATATTCTTCAAAGAACCATCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatccattgcaattgtaagcatttcaattcctatgcacattatttctttgttcatgtgagcaaacactttggctgctacaccatatattagtagt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G13860.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATTCCTACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|23728682|gb|BU762402.1|BU762402
genomic: CA-TCC-ACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|207718469|gb|GD700041.1|GD700041
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|193634623|gb|FK585210.1|FK585210
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|193458305|gb|FK423310.1|FK423310
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|193559478|gb|FK510847.1|FK510847
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|51343443|gb|CO984176.1|CO984176
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|193698465|gb|FK641594.1|FK641594
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|7925661|gb|AW831687.1|AW831687
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tgtgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAGCTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCCAGTAATTCCCAACATGACAAACTCATCTGATATTCTTCAAAGAACCATCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTCAAGGAACCAAATCAGgtattgatccattgcaattgtaagcatttcaattcctatgcacattatttctttgttcatgtgagcaaacactttggctgctacaccatatattagtagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA