Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATTGCTAATATCGCGGGTAACAAAAAGTTGGTTTTGCCTGTTCCTGCTTTCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttctaagacctttcttctgtctctctgtgtgtgtaagagagagagagagataaagcaagacgagtttcatatatttgtgaaatgttatgtatatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G37520.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G37520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv08s0007g03960.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
--TATTGCTAATATCGCGGGTAACAAAAAGTTGGTTTTGCCTGTTCCTGCTTTCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttctaagacctttcttctgtctctctgtgtgtgtaagagagagagagagataaagcaagacgagtttcatatatttgtgaaatgttatgtatatgcag
  |||||| || || || || |||||  | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||| |  | | |     ||||  | | | | |    |         |   |||||  | | |   | ||||                               
CATATTGCAAACATTGCTGGCAACAAGCACTTGGTGTTGCCGGTTCCTGCATTCAATGTCATCAACGGTGGTTCACATgcaggaaataaactcgcaatgcaggcatgcctcttgatataac-cttcgatttgtttcttaaagatgctccctggttgagatttatccacttgtgtttgcag---------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7146883|gb|AW508805.1|AW508805
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATTCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAG
EST: gi|7591405|gb|AW707139.1|AW707139
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|18692943|gb|BM521791.1|BM521791
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTTCTCGTTCAAGGAA
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAA
EST: gi|209703741|gb|BW656874.1|BW656874
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCGATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|254344482|gb|GR851179.1|GR851179
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|9203701|gb|BE329925.1|BE329925
EST:     CAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGGAAACAA-CTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAAGAAGCCATGAA
genomic: CAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGG-AAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAA
EST: gi|254320729|gb|GR827178.1|GR827178
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|192332024|gb|FK026318.1|FK026318
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCG
EST: gi|23063911|gb|BU578685.1|BU578685
EST:     CAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAAACAA-CTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCT
genomic: CAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAA-CAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCT
EST: gi|254325331|gb|GR838212.1|GR838212
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGG-AGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|22541109|gb|BU090952.1|BU090952
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|17021938|gb|BM092972.1|BM092972
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGC
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGC
EST: gi|37997044|gb|CF808633.1|CF808633
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCT
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCT
EST: gi|6746664|gb|AW317182.1|AW317182
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAN                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTTGGAGCTTCCTCGTTCAAAGAAACGATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|213613603|gb|DB963291.1|DB963291
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGT
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGT
EST: gi|120531151|gb|EH259284.1|EH259284
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|192295280|gb|FG985934.1|FG985934
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|208213962|gb|GE008807.1|GE008807
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|208030012|gb|GD827042.1|GD827042
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|192297299|gb|FG990633.1|FG990633
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|213618071|gb|DB963704.1|DB963704
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCGATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|11688217|gb|BF595893.1|BF595893
EST:     CAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTTGGAA-CAA-CTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCCTTTCTGTGGGAGCT
genomic: CAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCT-GGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTC-TTCCTGTGGGAGCT
EST: gi|5057948|gb|AI736424.1|AI736424
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|209725450|gb|BW658303.1|BW658303
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCGATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
EST: gi|213606541|gb|DB959009.1|DB959009
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCA
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCA
EST: gi|192294899|gb|FG987588.1|FG987588
EST:     TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG
genomic: TCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttc ... gtatatgcagGAGTTTATGGTTCTTCCTGTGGGAGCTTCCTCGTTCAAGGAAGCCATGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATTGCTAATATCGCGGGTAACAAAAAGTTGGTTTTGCCTGTTCCTGCTTTCAATGTCATTAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAACTTGCTATGCAGgcatgctttctaagacctttcttctgtctctctgtgtgtgtaagagagagagagagataaagcaagacgagtttcatatatttgtgaaatgttatgtatatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA